如何在GitHub上保存代码文件并在Jupyter Notebook上运行？

Question

如何在GitHub上保存代码文件并在Jupyter Notebook上运行？

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通过GitHub，我们可以将代码存储在线上；通过Jupyter Notebook，我们可以仅执行Python代码的一部分。我想将它们结合起来使用。我可以在Jupyter Notebook中编辑存储在我的电脑上的代码。但是，我无法找到一种方法来运行存储在GitHub上的代码。所以，你知道如何做吗？

以下是一些示例： https://github.com/biolab/ipynb/blob/master/2015-bi/lcs.ipynb https://github.com/julienr/ipynb_playground/blob/master/misc_ml/curse_dimensionality.ipynb https://github.com/rvuduc/cse6040-ipynbs/blob/master/01--intro-py.ipynb

- user6867490

2个回答

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Github是一个版本和源代码控制工具，您需要将代码复制到本地环境。

这里有一个初学者教程在这里

一旦您设置了Github账户并定义了本地和远程存储库，您就可以使用git checkout检索代码。更多解释请参考教程。

- Carlos Monroy Nieblas

感谢您的回答。 - user6867490

但是，在上面的例子中，似乎人们将代码存储在GitHub上并在Jupyter笔记本上运行。只需查看：https://github.com/rvuduc - user6867490

你需要完成教程，定义本地仓库并检出你感兴趣的分支来运行。 - Carlos Monroy Nieblas

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Wayne · Accepted Answer

1. 如果你只是想运行存储在Github或Gist上的Python代码：

IPython Magic命令%load，如这里的技巧＃8所述，将使用外部脚本替换Jupyter笔记本单元格的内容。

源可以是计算机上的文件或URL。
Github或Gist托管脚本的技巧是将其指向原始代码的URL。您可以通过在GitHub上浏览脚本并按下工具栏上方的Raw来获取原始代码的URL。将地址栏中提取的内容放在%load 后面，以获得类似以下内容的内容：

%load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

当你在Jupyter笔记本单元格中执行它时，它将在笔记本的命名空间中引入代码。
更多关于如何通过GitHub或Gists使用原始代码的信息，请参见此处和此处。有关其他魔术命令的更多信息，请单击此处。

同样地，如果你想把脚本作为文件带入到笔记本中并使用%run调用（或相应的命令行），请在笔记本单元格中使用curl，脚本将被添加到当前目录中。

!curl -O https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

然后在Jupyter笔记本中的一个单元格中运行以下内容的脚本：

%run fastq-to-fasta.py

提供脚本名后可能需要任何必要的参数。通常可以运行%run <script_name> --help来获取有关脚本期望的参数的信息。在笔记本中使用%run提供了更全面的Jupyter体验；在Jupyter笔记本中使用%run运行脚本类似于在命令行上运行脚本的传统方式。

2. 如果你想运行一个放在GitHub上的notebook：

或者如果你希望其他人能够轻松地运行那个notebook。
请查看MyBinder.org，在这篇Nature文章中有介绍。有关该服务的更多信息可以在这里，这里和这里找到。

在MyBinder.org页面上，您可以将服务指向任何Github存储库。但是，除非它是相当基本的python笔记本，否则您将遇到依赖性问题。您可以按照这里和这里的指导设置它来解决这个问题。
为了生成这个可启动的repo，我对一个最初未设置使用Binder系统的存储库进行了分叉。另一个例子，基于在Twitter交流中分享的gist的此R代码可以在这里看到。

使用它，您可以获得一个Launch Binder徽章，您可以将其添加到您的存储库并随时启动它。可以看到可以启动的示例here。