使用RStudio编译RMarkdown：为什么需要读取.RProfile文件？

Question

当我在RStudio中从.Rmd文件编译HTML时，为什么它会尝试读取我的.RProfile文件？

我的意思是，我按下“Knit HTML”按钮，然后它实际上尝试执行我在.RProfile中的所有内容，加载那里提到的每个库，然后尝试源外部文件失败（我有一堆自编函数在.RProfile中，像source('/Users/me/.rstudio-desktop/lib/lib.stocks.R')等行）。

目前，我必须在编译过程中（编织）将.RProfile从主目录移出，但可能应该有某种选项或其他东西？

感谢任何建议：）。

OS X 10.8.5，RStudio版本0.98.1091

- A S

---

我没有一个很好的答案，但一个解决方法可能是 if (interactive()) {## do things for normal r session} else {do other things for non-interactive session, ie, knitr compiling} 把这个放在你的 .rprofile 文件中，我忘了这一部分。 - rawr

谢谢，@rawr，这个方法有效 :). 但还是很有趣，为什么它一开始就会这样做... - A S

不确定knitr文档是一个新的R会话还是只创建了一个新环境，但无论哪种方式，R都会正常启动，这意味着它将首先读取您的.rprofile并执行其中的任何操作。我认为您可以在engine.opts块选项中传递--vanilla，但看起来并非如此。 - rawr

Answer 1

那就是 .Rprofile 的定义。当 R 启动时，它会读取并执行这个文件。RStudio 启动一个新的 R 会话来编译 R Markdown 文档，并且该 R 会话会读取 .Rprofile，除非你告诉该 R 会话不要读取它（例如通过 R --no-init-file 或 R --vanilla），但目前你无法真正控制 RStudio 如何启动 R 会话。我认为 @rawr 提到的 if (interactive()) 是一个非常好的想法，这也是我日常工作中使用的方法（我希望我的非交互式 R 会话是“干净”的）。

- Yihui Xie

Answer 2

我刚开始使用RStudio中的项目，如果我误解了问题或做了一些愚蠢的事情，请指教。但听起来问题实际上是你的.Rprofile对于特定文档来说过于庞大。

如果您为给定文档创建一个新项目，它们将拥有自己的.Rprofiles，可以根据文档的需求进行调整。

更具体地说，我制作了一个模板，每次启动新项目时只需复制/粘贴即可。它只是一个看起来像这样的文件夹：

项目模板（文件夹）

• 数据（文件夹）
• 脚本（文件夹）
• 输出（文件夹）
• 文档（文件夹） New Project.Rproj .Rprofile

.Rprofile包括我总是使用的tidyverse和其他软件包，我会根据需要添加其他软件包。当然，如果您正在处理需要大量大型和/或自制软件包的大型项目，并且您只是尝试在该项目中创建一个小文档，则会再次遇到该问题。

我相信您很久以前就解决了这个问题，但我希望这可以帮助任何遇到类似问题的人（就像我一样）。

- Alexander F. Wall