AWS Lambda 的打包 R 在使用 Rscript 时无法工作

Question

我正在尝试在 AWS EC2 实例的命令行上使用已打包的 R 二进制文件和库（无需安装）运行 R 脚本，以测试用于部署到 AWS Lambda 的脚本。我遵循了这些说明。该指南是为了将所有 R 二进制文件和库打包到一个 zip 文件中，并将所有内容移动到 Amazon EC2 实例进行测试。我在新机器上解压了所有内容，在机器上运行了 'sudo yum update' 命令，并设置了 R 的环境变量以指向正确的位置：

export R_HOME=$HOME
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib

注意：$ HOME 等于 / home/ec2-user。

我创建了这个 hello_world.R 文件进行测试：

#!/home/ec2-user/bin/Rscript
print ("Hello World!")

但是当我运行了这个命令：

ec2-user$ Rscript hello_world.R

我得到了以下错误：

Rscript execution error: No such file or directory

所以我检查了路径，但是一切都没问题：

ec2-user$ whereis Rscript
  Rscript: /home/ec2-user/bin/Rscript

ec2-user$ whereis R
  R: /home/ec2-user/bin/R /home/ec2-user/R

但是当我尝试在命令行使用Rscript评估一个表达式时，我得到了以下结果：

ec2-user$ Rscript -e "" --verbose
  running
    '/usr/lib64/R/bin/R --slave --no-restore -e '

  Rscript execution error: No such file or directory

尽管我已将R_HOME变量设置为“/home/ec2-user”，但似乎Rscript仍在寻找默认位置“/usr/lib64/R/bin/R”中的R：

ec2-user$ echo $R_HOME
  /home/ec2-user

我找到了一些支持，但找不到任何针对我的特定问题的解决方案。有些人建议重新安装R，但据我了解，为了Lambda的目的，一切都需要自包含，所以我在一个单独的EC2实例上安装了R，然后将其打包起来。值得一提的是，在使用软件包管理器安装R的机器上，一切都运行良好。

解决方案: 在答案中发布了我的解决方案。

- Rafaan Anvari

Answer 1

它认为它就在那儿盯着你:

ec2-user$ whereis R
  R: /home/ec2-user/bin/R /home/ec2-user/R

这是您放置R代码的位置 -- 然而，它是为此构建的/期望此项内容：

ec2-user$ Rscript -e "" --verbose
  running
    '/usr/lib64/R/bin/R --slave --no-restore -e '

这些路径并不相同。真正的错误可能是你假设只需将已经安装和配置好的R安装程序移动到另一个目录中即可。但事实并非如此。

你可以为新路径构建R并进行安装。在已经配置和安装路径相同的系统上，一切都很顺利：

$ Rscript -e "q()" --verbose
running
  '/usr/lib/R/bin/R --slave --no-restore -e q()'

$ 

- Dirk Eddelbuettel

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谢谢。是的，我感觉这是问题的根源，但不确定如何解决。最终，我遵循了这个解决方案的一部分：http://fumodibit.blogspot.co.uk/2013/04/modifying-r-to-obtain-relocatable.html?showComment=1436450064627 - Rafaan Anvari

感谢提供信息。在调试过程中，我按照评论中的链接进行操作，并通过设置RHOME环境变量为R主目录（export RHOME=$R_HOME_DIR）解决了这个问题。 - ialm

Answer 2

这篇博客介绍了类似的问题，并提供了一个潜在的解决方案。我还不得不从这篇文章中实现部分解决方案。

我修改了R源代码的第一行，将其改为：

#!/bin/sh
# Shell wrapper for R executable.

R_HOME_DIR=${R_ROOT_DIR}/lib64${R_ROOT_DIR}

到这个：

R_HOME_DIR=${RHOME}/lib64${R_ROOT_DIR}

我会在下面解释原因。

注意--其余代码为：

if test "${R_HOME_DIR}" = "${R_ROOT_DIR}/lib64${R_ROOT_DIR}"; then
   case "linux-gnu" in
   linux*)
     run_arch=`uname -m`
     case "$run_arch" in
        x86_64|mips64|ppc64|powerpc64|sparc64|s390x)
          libnn=lib64
          libnn_fallback=lib
        ;;
        *)
          libnn=lib
          libnn_fallback=lib64
        ;;
     esac
     if [ -x "${R_ROOT_DIR}/${libnn}${R_ROOT_DIR}/bin/exec${R_ROOT_DIR}" ]; then
        R_HOME_DIR="${R_ROOT_DIR}/${libnn}${R_ROOT_DIR}"
     elif [ -x "${R_ROOT_DIR}/${libnn_fallback}${R_ROOT_DIR}/bin/exec${R_ROOT_DIR}" ]; then
        R_HOME_DIR="${R_ROOT_DIR}/${libnn_fallback}${R_ROOT_DIR}"
     ## else -- leave alone (might be a sub-arch)
     fi
     ;;
  esac
fi

if test -n "${R_HOME}" && \
   test "${R_HOME}" != "${R_HOME_DIR}"; then
  echo "WARNING: ignoring environment value of R_HOME"
fi
R_HOME="${R_HOME_DIR}"
export R_HOME

你可以在底部看到，该代码将R_HOME设置为R_HOME_DIR，而R_HOME_DIR最初是基于R_ROOT_DIR分配的。

无论您将R_HOME_DIR或R_HOME变量设置为什么，R都会使用R_ROOT_DIR变量重置所有内容。

有了这个更改，我可以设置所有环境变量：

export RHOME=$PWD/R  #/home/ec2-user/R
export R_HOME=$PWD/R #/home/ec2-user/R
export R_ROOT_DIR=/R #/R

我将RHOME设置为我的工作目录，其中包含R软件包。在我的情况下，RHOME基本上充当一个前缀，它是/home/ec2-user/。

此外，Rscript将/R/bin添加到任何RHOME中，因此现在我可以正确地运行...

Rscript hello_world.R

...在命令行上运行。Rscript知道如何找到R，而R知道如何找到所有它的东西。

我觉得将R打包成可移植的自包含文件夹应该比这更容易，而不使用Docker或其他工具，如果有人有更好的方法，请告诉我，我会非常感激。

- Rafaan Anvari

Answer 3

另一个更快的方法： 创建相同的文件夹 /usr/lib/R/bin/ 然后将 R 放入此文件夹中。

- upuil