使用Cypher删除neo4j中的所有节点和关系会超出堆空间

Question

我一直在尝试运行这个查询，这是neo4j谷歌群组和其他在线来源推荐的:

START n = node(*) MATCH n-[r?]-() WHERE ID(n)>0 DELETE n, r;

为了删除所有测试之间的节点和关系。 当我从控制台运行时，我用完了java堆空间。 当我从python中这样做(使用新的graph_db.clear()，该函数似乎使用相同的查询)，我会得到一个"SystemError: None"，我认为这是相同的java堆空间错误。 我有一个具有500k节点、仅有5k个关系和7M属性的数据库。 我正在使用Neo4j-1.8.1在Mac笔记本电脑(10.6.8)上运行，拥有8GB RAM。 我想我有点惊讶于删除节点(基本上没有关系，所以子图非常小)会超出java堆空间，但我对neo4j的工作方式非常幼稚。 希望能得到任何前进的建议。 我知道在数据目录中运行rm -rf并从头开始将起作用，但我想可能有一个不那么激烈的解决方案。

[交叉发布到neo4j谷歌群组]

- seandavi

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在 WITH 之后进行分页更加方便和合理：START n = node(*) MATCH n-[r?]-() WITH n,r LIMIT 10000 DELETE n, r; - Michael Hunger

@MichaelHunger难道不应该是:START n = node(*) WITH n LIMIT 10000 MATCH n-[r?]-() DELETE n, r;吗？ - joewhite86

Answer 1

上面的密码语句会在一个事务中删除所有节点（除了ID为0的根节点）之前进行实例化。当使用500k个节点时，这会消耗太多内存。

尝试将要删除的节点数限制在大约10k-50k左右，例如：

START n = node(*) 
MATCH n-[r?]-() 
WHERE (ID(n)>0 AND ID(n)<10000) 
DELETE n, r;

START n = node(*) 
MATCH n-[r?]-() 
WHERE (ID(n)>0 AND ID(n)<20000) 
DELETE n, r;

不过，完全删除数据库目录没有任何问题，这是一个好的做法。

- Axel Morgner

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是的，赞成删除数据库文件夹。 - Eve Freeman

我应该考虑限制删除节点的数量。谢谢提示。显然，最好的方法似乎是删除数据库目录。 - seandavi

问号在可选模式匹配中不再使用。在最近版本的Neo4j中，需要修改匹配语句为：OPTIONAL MATCH n-[r]-()。 - IsidroGH

读取 START 同样正在逐步淘汰，因此应该使用 MATCH（n）OPTIONAL MATCH（n） - [r] - >（）DELETE n，r。 - George Birbilis

我也同意。当我试图设计正确的模式时，我经常不断地删除数据库...这在很多方面都是一个试错的过程。 - Monica Heddneck

Answer 2

根据Neo4j文档，删除图形的操作是通过：

MATCH (n)
OPTIONAL MATCH (n)-[r]-()
DELETE n,r;

为避免Java堆空间错误，我将此代码与LIMIT组合使用：

MATCH (n)
OPTIONAL MATCH (n)-[r]-()
WITH n,r LIMIT 100000 DELETE n,r;

它可以减少节点数量，最终让我们使用第一个、推荐的和更通用的代码。

- Nicolás

Answer 3

问号不再起作用，请使用Optional Match。以下内容应该有效。

               START n = node(*) 
               OPTIONAL MATCH n-[r]-() 
               WHERE (ID(n)>0 AND ID(n)<10000) 
               DELETE n, r;

- Sheetal Kaul

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在上面的例子中，你会得到一个“不再使用问号作为可选模式 - 使用OPTIONAL MATCH代替”的提示。 - Fintan Kearney

Answer 4

截至Neo4j 2.3.3版本，引入了一种新的节点和关系删除方法。详情请参考2.3.3文档。

例如，你可以这样做：

MATCH(n) DETACH DELETE n;

- Paul Liang

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这适用于小数据集，但在大型数据库上会使我的Java堆空间耗尽。 - fiat

Answer 5

我在Neo4J知识库[1]中找到了一个更好的解决方案:

CALL apoc.periodic.iterate(
    "MATCH (n) RETURN n",
    "DETACH DELETE n",
    {batchSize:1000}
)
YIELD batches, total RETURN batches, total

[1] - https://neo4j.com/developer/kb/large-delete-transaction-best-practices-in-neo4j/

[1] - https://neo4j.com/developer/kb/large-delete-transaction-best-practices-in-neo4j/ 的最佳实践：大规模删除事务。

- antimirov

Answer 6

你可以在neo4j属性中增加堆空间，并启用gc日志，观察堆空间是否接近上限。页面缓存大小需要根据初始大小进行减少或增加。... 减少/增加它并检查对加载时间的影响。neo4j需要大量内存...尽可能获取更大的堆空间。

- user7160789