R networkD3 包：在 simpleNetwork() 中对节点进行着色

Question

R networkD3 包：在 simpleNetwork() 中对节点进行着色

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networkD3 包（见此处和此处）允许用户创建简单的交互式网络：

# Load package
library(networkD3)

# Create fake data
src <- c("A", "A", "A", "A",
        "B", "B", "C", "C", "D")
target <- c("B", "C", "D", "J",
            "E", "F", "G", "H", "I")
networkData <- data.frame(src, target)

# Plot
simpleNetwork(networkData)

有没有办法指定我想要 src 向量中的所有元素都是某种颜色，同时允许 target 向量中的所有元素是不同的颜色？这将使我能够在网络中视觉上区分 src 节点和 target 节点。

目前在 simpleNetwork() 中似乎不支持这个功能（但我希望有人能帮助我用自制脚本实现）:

类似但不相关的问题已经在这里提出。

- warship

2

在同一套包中使用 forceNetwork() 是否可以？您可以通过 Group 和 JavaScript 比例控制颜色。如果您有兴趣，我可以提供完整的答案。 - Peter Ellis

@PeterEllis 是的，那将非常有帮助。 - warship

可能有一个相关的问题，其中必须使用预先指定的颜色对节点进行着色：http://stackoverflow.com/questions/38793947/r-colouring-scheme-in-networkd3-vs-igraph?noredirect=1#comment65115769_38793947 - johnny utah

4个回答

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Peter Ellis之前的回答可能曾经有效，但是在新版本中代码已经更新。现在你需要使用d3.scaleOrdinal().range([])而不是d3.scale.ordinal().range([])。

- Renel Chesak

2

谢谢。我很少使用这种组合，直到在自己的工作中想知道为什么这不再起作用时，才在您的答案三年后看到了更改！我已经做出了回应并编辑了我的原始答案。 - Peter Ellis

2

Peter Ellis的回答可以解决问题，但这是一种备选方法，我认为它更加简洁易懂...

(另外，需要注意的是，节点可以同时出现在“源”和“目标”向量中，这种情况下，根据您的规定应该给它们什么颜色是不确定的。)

library(networkD3)

src <- c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "C", "C", "D")
target <- c("B", "C", "D", "J", "E", "F", "G", "H", "I")
networkData <- data.frame(src, target, stringsAsFactors = FALSE)

# make a nodes data frame out of all unique nodes in networkData
nodes <- data.frame(name = unique(c(networkData$src, networkData$target)))

# make a group variable where nodes in networkData$src are identified
nodes$group <- nodes$name %in% networkData$src

# make a links data frame using the indexes (0-based) of nodes in 'nodes'
links <- data.frame(source = match(networkData$src, nodes$name) - 1,
                    target = match(networkData$target, nodes$name) - 1)

forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = "source",
             Target = "target", NodeID ="name", Group = "group",
             opacity = 1, opacityNoHover = 1)

- CJ Yetman

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你可以像链接帖子中所述那样做类似的事情，但这里提供了一个使用visNetwork包的示例。该包与vis.js接口，可以制作非常漂亮的交互式图形。

library(visNetwork)
id <- unique(c(src, target))                                  # node ids
nodes <- data.frame(id, group=+(id %in% src),                 # add a grouping for src/target
  label=id, title=sprintf('<p>Node %s</p>', id))              # add some labels
g <- visNetwork(nodes=nodes, edges=networkData, width="75%")  # make graph
visExport(visHierarchicalLayout(g))                           # make it tree-like

- Rorschach

非常酷。我确信你能在 networkD3 中找到类似的东西 :-) +1 - warship

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Peter Ellis · Accepted Answer

以下是如何使用forceNetwork控制节点颜色的方法。请注意，这仍然无法告诉您链接的方向，因为某些节点是某些链接的源，而其他节点是某些链接的目标 - 所以您需要以某种方式重新考虑该逻辑。但无论如何，以下是控制节点颜色的方法。

# Load package
library(networkD3)
library(dplyr) # to make the joins easier

# Create fake data
src <- c("A", "A", "A", "A",
         "B", "B", "C", "C", "D")
target <- c("B", "C", "D", "J",
            "E", "F", "G", "H", "I")
networkData <- data.frame(src, target, stringsAsFactors = FALSE)

nodes <- data.frame(name = unique(c(src, target)), stringsAsFactors = FALSE)
nodes$id <- 0:(nrow(nodes) - 1)


# create a data frame of the edges that uses id 0:9 instead of their names
edges <- networkData %>%
   left_join(nodes, by = c("src" = "name")) %>%
   select(-src) %>%
   rename(source = id) %>%
   left_join(nodes, by = c("target" = "name")) %>%
   select(-target) %>%
   rename(target = id)

edges$width <- 1

# make a grouping variable that will match to colours
nodes$group <- ifelse(nodes$name %in% src, "lions", "tigers")

# simple with default colours
forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
             Source = "source",
             Target = "target",
             NodeID ="name",
             Group = "group",
             Value = "width",
             opacity = 0.9,
             zoom = TRUE)

# control colours with a JS ordinal scale
# edited 20 May 2017 with updated code from Renal Chesak's answer:
ColourScale <- 'd3.scaleOrdinal()
            .domain(["lions", "tigers"])
           .range(["#FF6900", "#694489"]);'

forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
             Source = "source",
             Target = "target",
             NodeID ="name",
             Group = "group",
             Value = "width",
             opacity = 0.9,
             zoom = TRUE,
             colourScale = JS(ColourScale))