R中的邻接矩阵

Question

我想从一个包含以下信息的csv文件中找到邻接矩阵：

A B 
1 2
1 3
1 4
2 5
3 7

等等，有100个节点，但每次我尝试创建一个矩阵并随后绘制图形时，出现的错误是它是一个非方阵。有人能帮我提供R语言的正确代码吗？

- user2203793

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你用什么代码来“创建矩阵”和“绘制图形”？在我看来，你的CSV有两列和许多行，当读入一个表格/矩阵时，它当然不是方形的。 - mathematical.coffee

没错，它确实有2列和很多行...我能否使用这些数据创建一个邻接矩阵呢？我正在尝试使用as.matrix和graph.adjacency函数。 - user2203793

Answer 1

你手头的是一个边缘列表。你可以从中构建一个图，然后将其转换为邻接矩阵：

library(igraph)

dat <- read.table(text="A B 
1 2
1 3
1 4
2 5
3 7", header=TRUE)

get.adjacency(graph.edgelist(as.matrix(dat), directed=FALSE))

那给了

7 x 7 sparse Matrix of class "dgCMatrix"

[1,] . 1 1 1 . . .
[2,] 1 . . . 1 . .
[3,] 1 . . . . . 1
[4,] 1 . . . . . .
[5,] . 1 . . . . .
[6,] . . . . . . .
[7,] . . 1 . . . .

- Brian Diggs

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问题在于我无法手动输入数据，而且代码不能处理csv文件。它仍然会出现相同的错误 - graph.edgelist需要一个有两列的矩阵。 - user2203793

你知道如何使用类似于 dat <- read.csv("path/to/file.csv", header=TRUE) 的代码从 csv 文件中读取表格数据吗？Brian的答案很好，但他（合理地）假设你已经将数据读入了一个两列数据框中... - Josh O'Brien

Answer 2

也许可以这样表达：

可能是这样的：

dat <- read.table(text="A B 
1 2
1 3
1 4
2 5
3 7", header=TRUE)

x <- table(dat)
x %*% t(x)

但也许你实际上需要的是：igraph::graph.data.frame。

- Tyler Rinker

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我认为你的第二个答案是OP所需要的 - ?graph.data.frame和?graph.constructors将提供更多信息。 - thelatemail

问题在于我无法手动输入数据，而且代码对于 CSV 文件也不起作用。它再次显示相同的错误—— graph.edgelist 需要一个具有两列的矩阵。而 graph.data.frame 也没有给出结果。 - user2203793