如何使用Julia替换字符串中的多个字符

Question

如何使用Julia替换字符串中的多个字符

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我正在试图解决这个问题：http://rosalind.info/problems/revc/ 我想用T、G、C、A替换所有出现的A、C、G、T，换句话说，所有的A将被替换成T，所有的C将被替换成G等等。

我以前使用过replace()函数将所有出现的'T'替换为'U'，希望它能接受一个字符列表并替换为另一个字符列表，但我无法使它工作，所以它可能没有这个功能。

我知道我可以使用BioJulia软件包轻松解决这个问题，并已经这样做了，如下所示：

# creating complementary strand of DNA
# reverse the string
# find the complementary nucleotide
using Bio.Seq
s = dna"AAAACCCGGT"

t = reverse(complement(s))

println("$t")

但我希望不必依赖这个软件包。

以下是我目前的代码，如果有人能指导我方向就太好了。

# creating complementary strand of DNA
# reverse the string
# find the complementary nucleotide

s = open("nt.txt") # open file containing sequence

t = reverse(s) # reverse the sequence

final = replace(t, r'[ACGT]', '[TGCA]') # this is probably incorrect
# replace characters ACGT with TGCA

println("$final")

- System

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Alex Riley · Accepted Answer

看起来在it技术中，replace并不能像Bash中的tr那样进行翻译。因此，下面介绍两种使用字典映射的方法（BioJulia包似乎也类似使用字典）：

compliments = Dict('A' => 'T', 'C' => 'G', 'G' => 'C', 'T' => 'A')

然后，如果str = "AAAACCCGGT"，你可以像这样使用join：

julia> join([compliments[c] for c in str])
"TTTTGGGCCA"

另一种方法是使用函数和 map：

function translate(c)
    compliments[c]
end

然后：

julia> map(translate, str)
"TTTTGGGCCA"

字符串是Julia中的可迭代对象；每个方法都会逐个读取字符，并将其传递给字典以获取对应的字符。这些补充字符构建成一个新的字符串。

Julia的字符串也是不可变的：您无法在原地交换字符，而是需要构建一个新的字符串。