无法在Mac OS 10.11上加载R xlsx包

Question

我可以加载rJava和xlsxjars包，但是当我执行library(xlsx)时，会出现“未能加载JVM”的错误。以下是我的详细信息。

操作系统版本：

$ sw_vers
ProductName:    Mac OS X
ProductVersion: 10.11
BuildVersion:   15A284

Java 版本:

$ java -version
java version "1.8.0_65"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_65-b17)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.65-b01, mixed mode)

Java路径：

$ which java
/usr/bin/java

Java主目录：

$ /usr/libexec/java_home
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home

R版本：

$ R --version
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

我如何启动 R：

$ LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

成功加载rJava和xlsxjars软件包：

> library(rJava)
> library(xlsxjars)

尝试加载 xlsx 包时未成功：

> library(xlsx)
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'xlsx', details:
  call: .jinit()
  error: JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1
Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’

R配置：

Matts-MacBook-Pro:~ matt$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_65
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Non-system Java on OS X

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources

- Matt Hagen

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R CMD javareconf 是什么意思？ - user3710546

也许readxl包中的read_excel函数可以作为一种替代方案？ - ekstroem

Answer 1

不幸的是，这些符号链接技巧对我没有帮助。但是，我在stackoverflow上找到了一个类似的问题！（还有哪里呢;））

以下步骤对我起作用：

在终端输入以下内容以正确重新链接Java：

sudo R CMD javareconf

回到R（或RStudio）中，从源安装rJava包：

install.packages("rJava",type='source')

希望这可以帮助你！

- SanjayIV

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我后来必须这样做才能使其正常工作：https://dev59.com/JV0a5IYBdhLWcg3wD1Pb - ndimhypervol

在 Tobias Mini 添加链接创建行之后可以正常工作。 - slymore

根据ndimhypervol提供的链接，我还需要运行以下命令sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib。 - Martin

在第二步中，需要在终端中以sudo R身份运行，然后执行install.packages(...)。 - avriis

无法工作：配置错误：一个或多个JNI类型与相应的本机类型不同。您可能需要使用非标准编译器标志或不同的编译器以解决此问题。 错误：“rJava”包的配置失败。 - Steffen Moritz

Answer 2

我也遇到了像 openNLP、xlsx、RWeka 等包的加载问题，得到了与您相同的错误信息。 但是最终在 OS X 10.11.3 上执行以下命令可以解决问题： sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

- Tobias Mini

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在10.12 Sierra上，xlsx对我不起作用。如果我运行该命令，它会返回“ln：/usr/local/lib/libjvm.dylib：文件已存在”，但我仍然收到错误提示。 - Dambo

Answer 3

R xlsx包构建的Java版本可能存在问题。一些旧软件需要安装适用于OS X 10.11 El Capitan、OS X 10.10 Yosemite、OS X 10.9 Mavericks、OS X 10.8 Mountain Lion和OS X 10.7 Lion的Java 6。

您可以尝试在苹果网站上安装这个旧版本的Java（Java for OS X 2015-001），链接如下： https://support.apple.com/kb/DL1572?locale=pt_BR&viewlocale=en_US 请检查是否已经安装了Java SE Development Kit 8。您可以从Oracle网站下载它，链接如下： www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html 我遇到了同样的问题，下载旧版本的Java解决了问题。希望这能帮到您！

- Iuri

Answer 4

基本上，只需按照以下描述操作： https://oliverdowling.com.au/2015/10/09/oracles-jre-8-on-mac-os-x-el-capitan/ 简短版本： 从Oracle下载Java JRE的tar文件 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html 然后将此放入您的终端中（对于sudo，需要输入密码）：

cd ~/Downloads
tar -xzf `ls -1r jre-*-macosx-x64.tar.gz | head -1`
cd `ls -1rd jre*/ | head -1`
defaults write `pwd`/Contents/Info.plist JavaVM -dict-add 'JVMCapabilities' '<array><string>JNI</string><string>BundledApp</string><string>CommandLine</string></array>'
plutil -convert xml1 Contents/Info.plist
sudo mv `pwd` /Library/Java/JavaVirtualMachines/
mkdir -p Contents/Home/bundle/Libraries
cd Contents/Home/bundle/Libraries
ln -s ../../lib/server/libjvm.dylib libserver.dylib

在我的 OS X 10.11 上正常工作

- rothers

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请非常小心处理这个命令——"sudo mv pwd /Library/Java/JavaVirtualMachines"将会把pwd路径下的所有内容移动到Java文件夹中。 - Andrew

我这样做了...当然它崩溃了，把我所有的文件都移动到了JVM文件夹里。我该如何“撤销”它？警告其他人：不要这样做！！ - user1318135

为什么mv pwd而不是mv .？ - Olathe

这很危险，可能会破坏你的系统。 - pachadotdev

这对我有用（使用macOS Sierra版本10.12，2015年中期的15寸MacBook Pro带有16GB内存 - 适用于所有拥有相同设备的人） - Robert Tomas G IV

Answer 5

对我来说，在MacOS Catalina 10.15.7上，安装当前的JRE和JDK软件非常简单（从java.com和oracle.com官方分发网站下载.dmg文件-没有任何关联！）。

我还重新安装了rJava包，但我不觉得这是必要的。实际上，我只是没有在我的电脑上安装Java。

现在，xlsx包可以加载了。

- tjebo