在Linux（Red Hat/CentOS）上如何更新到特定版本的R，并保留先前的版本？

Question

在Linux（Red Hat/CentOS）上如何更新到特定版本的R，并保留先前的版本？

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也许更准确的标题应该是：“如何在Linux（Red Hat/CentOS）上从原地（EPEL）R切换到侧边（版本特定）R安装？”（如下所示）

一个（可能典型的）Linux升级R的故事...

历史：

过去的某个时候，我使用默认版本更新了我们的RHEL/CentOS 7服务器上的R版本。例如，在2019年初的某个时候，使用yum包管理器将其更新到版本3.5.2。默认情况下，这会为所有用户安装R在/usr/lib64/R中，并完全替换之前安装在那里的3.4.x版本。Shiny Server已经安装，配置为以用户shiny身份运行，并且它毫不费力地找到了新版本的R。

情况：

一年后，现在是更新在Linux服务器上运行的R版本的时候了。运行yum check-upgrade R命令，发现可用的版本是3.6.0。实际上，我想安装3.6.3，并且我不想破坏正在运行3.5.2的所有应用程序，所以我需要使用一种不同的方法。按照https://docs.rstudio.com/resources/install-r/上的说明，下载3.6.3 .rpm文件并安装它。默认情况下，这会在/opt/R/3.6.3/中安装R，并保留3.5.2版本不变。但是，一旦我完成创建到R的符号链接步骤，我的所有闪亮应用程序都无法工作了：

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript

这并不令人惊讶。我的所有闪亮应用程序都依赖于几个尚未安装在此新版本R上的R软件包。通过在安装所需软件包之前删除这些符号链接，我可以快速使我的应用程序在以前的版本（3.5.2）上重新运行：

sudo rm /usr/local/bin/R  
sudo rm /usr/local/bin/Rscript

在我的 Shiny 应用程序日志文件中出现错误消息（位于 /var/log/shiny-server/<app name>-<user>-<datetime>.log），确认应用程序由于缺少软件包而无法启动。要更新共享库文件夹中的 R 软件包，我需要使用 sudo 运行新版本的 R： sudo -i /opt/R/3.6.3/bin/R 并在 R 中安装必要的软件包，例如 install.packages(c("shiny","devtools","rmarkdown","shinydashboard","tidyverse"))。

现在 R 软件包已经安装完成，我可以重新创建符号链接。

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript

我确认我的应用程序可以与新版的 R 正常运行。

现在我有一些问题：

问题 1：完成这些步骤后，R --version 仍然返回旧版本（3.5.2）。但是当我第二天重新登录时，它会打开 3.6.3。为什么？我需要运行终端命令来立即获取 R --version 的新版本，还是打开一个新的终端窗口是唯一的方法？

问题 2：运行 sudo R --version 总是返回旧版本（3.5.2）。运行 sudo which R 返回 /bin/R。运行 more /bin/R 显示它的内容为“R 可执行文件的 Shell 包装器”，并且其路径硬编码为“/usr/lib64/R”。我认为此时我不需要这个包装器。如何推荐使这些 sudo 命令指向新版本？

我可以在我的主目录中备份该文件（例如：cp /bin/R ~/binR.backup），以防万一，然后：

删除 /bin/R？
用新版本的符号链接替换 /bin/R（例如：sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /bin/R）？
使用和安装 3.6.3 相同的 .rpm 将“旧”版本重新安装到 /opt/R/3.5.2/ 中，在那里安装软件包，然后删除 /usr/lib64/R 版本（例如：sudo yum remove R）？

类似的问题链接，我查看了但没有回答我问题：

- Brian D

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- greg L · Accepted Answer

问题1： 我不确定为什么，在您的路径下有多个R版本可能会导致意外的情况，就像这样。在路径中，/usr/local/bin通常在/usr/bin之前，因此我希望能够找到R 3.6.3版本。也许与问题2有关。 问题2： 一些发行版（如CentOS/RHEL）在使用sudo时默认不将/usr/local/bin添加到PATH中。有关详情，请参见https://unix.stackexchange.com/questions/8646/why-are-path-variables-different-when-running-via-sudo-and-su。那里的答案描述了几种在使用sudo时添加/usr/local/bin到PATH的方法 - 例如，修改/etc/sudoers中的secure_path以包括/usr/local/bin：

Defaults    secure_path = /usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin

如果使用R 3.6.3 替代默认的系统 R，你不需要删除 /bin/R 或 /usr/bin/R。但是，建议您使用https://docs.rstudio.com/resources/install-r/安装多个并排的 R 版本，以便更易于管理。下次安装新版本的 R 时，您只需替换/usr/local/bin 中的符号链接。默认的系统 R（来自 EPEL）应该是系统上唯一的 R，并且支持就地升级。

如果想要用并排的 R 3.5.2（或 3.5.3）替代默认的 R 3.5.2，则可以从 https://docs.rstudio.com/resources/install-r/ 安装 R 3.5，安装所有必要的软件包，并使用新的 R 3.5 运行 Shiny Server。然后卸载 EPEL 中的 R（R-core 或 R-core-devel），以完全切换。从那里开始，甚至可以在/usr/bin中创建 R 的符号链接，而无需担心将/usr/local/bin添加到 sudo PATH。