如何从lme4 mer模型拟合对象生成LaTeX表格？

Question

有没有人知道如何从lme4的mer对象中生成漂亮的出版质量LaTeX表格？无论是xtable方法（包xtable）还是latex方法（包Hmisc），都不知道如何处理mer对象。

例如，给定以下拟合：

library(lme4)    
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)

有没有生成固定效应和随机效应系数估计的漂亮LaTeX表格的选项？

编辑：

因为这在下面的评论线程中有些深埋，所以请注意，正在开发一个R LaTeX表格的社区wiki：Tools for making latex tables in R

- Ryan

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xtable可以接受矩阵和数据框作为输入。你为什么不直接从模型中提取你感兴趣的量，并将它们作为矩阵输入到xtable中呢？或者，你可以尝试使用apsrtable。它有一个很好的扩展系统，可以轻松添加新的模型。 - Vincent

@ Vincent，那通常是我所做的，如果需要重复执行，我会编写一个函数。 - richiemorrisroe

维基上的工具确实适用于固定效应，但不适用于随机效应。正在寻找对后者的回答。 - bshor

对于HTML tables和plots，请查看sjPlot包。 - radek

你尝试过stargazer软件包吗？ - RobertMyles

Answer 1

答案可能有点晚，但或许会有人觉得它很有趣：

library("texreg")
texreg(fm1)

要将多个lme4模型或其他模型并排排列，可以使用以下代码：

texreg(list(fm1, fm2))

- Philip Leifeld

Answer 2

这篇博客文章似乎是针对这种情况量身定制的。 lme4模型的Latex表格

- Ramnath

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谢谢分享链接，加1赞。我本来正在忙着自己重写它，但显然已经有人做过了。 - Joris Meys

@ Joris。有许多关于不同模型的latex表格的优秀代码，但我认为它们分散在各处。我一直在考虑发布一个社区维基，将所有资源汇集到一个地方，但我不认为我有必要的声望来做到这一点。你认为这对你有兴趣吗？ - Ramnath

@Joris，请开始一个社区维基，LaTeX表格确实是必须的。 - aL3xa

@aL3xa：我在这里创建了一个社区维基：https://dev59.com/bm035IYBdhLWcg3wW-z1。它还不是维基，但已经被标记了，所以很快管理员就会将其转换为维基。我需要10000个声望才能这样做，所以我还差320个... - Joris Meys

我们想在这里建立一个知识库，而不仅仅是链接收集。如果您能在回答中提取链接文章的精华部分，那么您的回答将更好。 - Paŭlo Ebermann

这个链接已经失效了，有没有替代品？ - galliwuzz

Answer 3

我可能有一个hacky的解决方案。我想要的是同样的东西，具体来说是从glmer模型拟合中得到系数表格（估计值、标准误差、z值和p值）。找到摘要输出的正确部分并将其输入到xtable中似乎已经解决了问题。很抱歉没有提供可重现的代码和数据，但是根据您的原始示例：

fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)
xtable(summary(fm1)@coef)

应该给出系数、标准误等表格。请注意，它只提供值，而不是额外的显著性星号等装饰。

- Scott

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coef(summary(fm1))比summary(fm1)@coef更好--它适用于任何版本的lme4。 - Ben Bolker