Matplotlib生成的PDF无法在Acrobat Reader中查看。

Question

我正在使用matplotlib绘制数据，包括LaTeX字体。创建的PDF可以由evince、inkscape和GIMP显示，但不能由acroread或Adobe Reader显示。该原型代码适用于许多图形，只有少数图形存在这个问题。

...
fig = plt.figure(figsize=(10, 6))
ax = fig.add_subplot(111)
savedpi = 250
fileformat = 'pdf'
... 
p12,=ax.plot(plimit12-binSize/2.0, mean12, '-', lw=2)
ax.set_yscale('log')
ax.yaxis.set_major_formatter(matplotlib.ticker.ScalarFormatter())
ax.legend([p1, p2, p3, p4, p5, p6, p7, p8, p9, p10, p11, p12], [ "C01", "C02", "C03",  "C04", "C05", "C06", "C07", "C08", "C09", "C10", "C11", "C12"],numpoints=1, loc=1, ncol=3) 
plt.savefig(savepath+'veloDisp'+'.pdf',dpi=None,format=fileformat)

其中一个问题文件可以在http://ubuntuone.com/0kuZIKYeZQyGckE5jonPy6找到。

有人遇到过这样的问题吗？

编辑：感谢William Denman，事实上在evince中打开并打印为pdf就可以了，在acroread中也可以查看。有趣的是，使用LaTeX字体的其他图表一开始就能正常工作。我没有收到任何错误消息，无法猜测问题所在，这就是我首先在这里问的原因。暂时用你的解决方法可以，谢谢。但是我真的想知道如何通常情况下避免这种问题。由于这些图应该是出版物的一部分，我还必须考虑那些使用Adobe pdf阅读器的人。

编辑：如建议所述，我在MPL开发人员邮件列表上开了一个主题，请参见http://matplotlib.1069221.n5.nabble.com/PDF-not-readable-by-Adobe-PDF-readers-td42580.html

编辑：由matplotlib开发人员解决！问题是这行代码：

ax.axvline(x=1, c='#000000', lw='2', alpha=0.5) 

该字符串表示线条的宽度。应为

ax.axvline(x=1, c='#000000', lw=2, alpha=0.5)

很遗憾，标准的PDF后端目前还不能提醒这一点。

- Giant Molecular Klaus

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如果您从Evince或Inkscape导出PDF到PDF中，第二个PDF是否可以在Adobe Acrobat中查看？就我个人而言，我在Linux系统下使用Acrobat时遇到的问题不少。您是否将LaTeX嵌入PDF中？这可能也会对Acrobat造成问题。当您说“无法由acroread显示”时，您是否收到了错误提示？stderr中有任何信息吗？ - William Denman

你使用的 mpl 版本是什么？你能够可靠地生成错误文件吗？如果可以，你能否提供一个最小化的示例？这听起来像是应该报告的一个 bug。 - tacaswell

我正在使用1.2.1版本，但是当简化绘图例程时无法重现错误。该问题仅在非常大的问题中出现；在我的情况下，处理了大约12个4GB的hdf5文件。此外，如果绘图脚本内没有太多计算，则输出文件是正常的；因此，如果我加载这些文件并只读取和绘制某个数量，则保存的PDF文件没有问题。但是，当我对数据进行一些处理时，PDF似乎不符合Adobe标准。 - Giant Molecular Klaus

@Giant Molecuar Klaus：错误文件的链接已经失效了，你还有吗？ - ZF007

Answer 1

在追踪matplotlib中的自己的错误后，我根据这篇文章和OP在matplotlib网站上的引荐发现，可以使用cairo来追踪matplotlib中的错误。 pip install cairo。然后在所有其他MPL导入的顶部添加：

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import ...

import matplotlib
matplotlib.use("cairo")

from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages
..etc.

否则，追踪将失败，因为后端已经设置和加载完毕...

- ZF007