6个回答
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您是否认为R是一种功能性而不是多范式语言？
如果是这样，那么R拥有最大的生物信息学库集。CRAN中有许多模块，但BioConductor是您要寻找的。它拥有一个活跃的社区，大多数库已经发表在同行评审期刊上。
注：我认为除了perl、python以及C/C++和Java中的一些小型尝试之外，没有其他编程语言具有良好的生物信息学库。
- dalloliogm
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我已经开始了第一个严肃的BioScala项目，其中包括./doc中的教程和设计理念。此外，我正在blog.thebird.nl上解释如何在生物信息学中使用Scala。BioScala是一个正在进行中的工作。由于您可以从Scala中同时使用BioJava和BioRuby - 并且很快也可以使用BioLib - 所以您可以立即开始。
- pjotrp
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相反，用Haskell编写程序非常方便，以至于自己提供任何缺失的功能比理解别人晦涩的命令式代码更容易。
虽然Eric对我的维护技能有所质疑（嘿，接受补丁，你知道的），但我认为Haskell是生物信息学的一个不错平台，让用户编写简洁而高效的代码。 对我来说很有效！
- Ketil
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最好维护的、通用的、与语言相关的生物信息学库由 Open Bioinformatics Foundation 支持：BioPerl、Biopython、BioJava、BioRuby 和 BioLib（C++）。这些库非常方便，即使你本来更喜欢其他语言，使用其中一种语言编写脚本也很容易。
正如安德鲁所指出的那样，您可以将 BioJava 与基于 JVM 的函数式语言（如 Scala 或 Clojure）一起使用。 BioLib 比其他库更新，但它旨在与 SWIG 很好地配合，因此任何其他语言都可以链接它。Haskell 有一个很好的 FFI，所以你可以尝试将它与 Biolib 和 NCBI 工具包库一起使用——这些库可能比 BioHaskell 维护得更好。
正如安德鲁所指出的那样，您可以将 BioJava 与基于 JVM 的函数式语言（如 Scala 或 Clojure）一起使用。 BioLib 比其他库更新，但它旨在与 SWIG 很好地配合，因此任何其他语言都可以链接它。Haskell 有一个很好的 FFI，所以你可以尝试将它与 Biolib 和 NCBI 工具包库一起使用——这些库可能比 BioHaskell 维护得更好。
- Eric Talevich
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除了BioRuby之外，您还可以使用biogem来获取那些不在bioruby核心中的软件包，因此您可以获得更多的软件包。
- lpantano
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?Filter进行了解。在R数据分析中，apply函数族经常使用，看起来它们是直接从函数式编程范例中衍生而来。 - Sharpie