ggplot2/ggsurvplot：`element_text()` 的向量输入不受官方支持

Question

我正在尝试使用survminer和survival包绘制相应分析的生存曲线。在ggsurvplot命令中设置risk.table = TRUE会出现警告，提示“向element_text()的矢量化输入没有正式支持。结果可能是意外的或在未来版本的ggplot2中可能会更改。”

我还尝试了其他数据，发现这个问题确实存在。下面是我在R版本4.0.3、Rstudio版本1.2.5033上运行的一个简单示例：

library('survival')
library('survminer')
library('ggplot2')

lung <- survival::lung
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, risk.table = TRUE)

如果risk.table = FALSE，警告就不会出现，所以我认为risktables参数在某种程度上干扰了ggplot2的x轴格式。在关于是否应该支持未来ggplot2中element_text()的矢量输入的讨论中，开发人员似乎更倾向于使用逐步弃用周期的方法。https://github.com/tidyverse/ggplot2/issues/3492。

我想知道当前是否有一些解决此问题的方法，因为我将来想要经常使用ggsurvplot和其risktables功能。这个问题似乎也会出现在使用ggplot2创建的其他图形中（请参见上述github讨论）。然而，在reprex中，它似乎与ggsurvplot的固有参数有关，对于我来说，这个参数似乎是使用此函数的关键。任何支持性的意见都将不胜感激。

- GRowInG

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这是一个很好的问题，但最好在RStudio社区论坛上提问，在那里你更有可能直接得到ggplot2开发人员的关注。 - qdread

谢谢你的提示！在Rstudio社区页面上，@hadley说：“最容易说出community.rstudio.com不是什么：它不是Stack Overflow、GitHub或我们的高级支持服务的替代品：如果您有一个明确定义和清晰的问题（和相应的reprex），您仍然应该在Stack Overflow上提问。”暂时让我们看看是否能在Stack Overflow上学到关于这个问题的东西，如果不行，我很乐意听从你的建议。 - GRowInG

两个早期的评论都是合理的。但与其发布到RStudio支持，不如联系survminer的作者，这样是否同样值得呢？毕竟，问题出在他们的风险表上... - Limey

我使用combine=T而不是risk.table=T时遇到了相同的问题。 - Vincent

你尝试过使用ggsurvplot_combine()作为替代方案吗？ - GRowInG

Answer 1

这里有一个解决方法，可以从risk.table功能中获取信息，并将其（以及更多信息）呈现在生存图旁边。我猜在问题被作者解决之前，这可能是我们现在能做的最好的事情。

library('survival')
library('survminer')
library('ggplot2')
library('kableExtra')


# Specify dataset
lung <- survival::lung
fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)


# -----------Scenario 1: KM-plot and risk.table without writing a function

kmplot <- ggsurvplot(fit, data = lung, risk.table = FALSE)
risktable <- kmplot$data.survtable


# Using R Markdown: Setting results='asis' in the corresponding chunk header - knit to html
## Output KM-plot
kmplot

## Output risktable
print (
  kable(risktable, caption = paste("Survival stratified by sex")) %>%
    column_spec(1, bold = T) %>%
    kable_styling(bootstrap_options = "hover", full_width = TRUE))



# -----------Scenario 2: Using a function
fun_surv <- function (x) {
kmplot <- ggsurvplot(x, data = lung, risk.table = FALSE)
risktable <- kmplot$data.survtable
list_surv <- list(kmplot, risktable)
list_surv
}

res_surv <- fun_surv(fit)


# Using R Markdown: Setting results='asis' in the corresponding chunk header - knit to html
## Output KM-plot
res_surv[[1]]

## Output risktable
print (
  kable(res_surv [[2]], caption = paste("Survival stratified by sex")) %>%
    column_spec(1, bold = T) %>%
    kable_styling(bootstrap_options = "hover", full_width = TRUE))

- GRowInG