我有以下代码。
我猜问题出在我的表格中有因子而不是整数。
我猜我的anna.total$score是因子,我必须将其转换为整数。
如果我理解正确,as.numeric可能可以解决我的问题。
我正在阅读有关as.numeric函数的内容,但我无法理解如何使用它。
因此,您能否给我一些建议?
提前感谢您。
最好的问候, Anna
PS: 我尝试了以下方法:
anna.table<-data.frame (anna1,anna2)
write.table<-(anna.table, file="anna.file.txt",sep='\t', quote=FALSE)
我的表格最终包含以下数字:
chr start end score
chr2 41237927 41238801 151
chr1 36976262 36977889 226
chr8 83023623 83025129 185
之后,我尝试获取符合特定条件的值,例如分数低于特定值
因此,我正在执行以下操作:
anna3<-"data/anna/anna.file.txt"
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE)
significant.anna<-subset(anna.total,score <=0.001)
Error: In Ops.factor(score, 0.001) <= not meaningful for factors
我猜问题出在我的表格中有因子而不是整数。
我猜我的anna.total$score是因子,我必须将其转换为整数。
如果我理解正确,as.numeric可能可以解决我的问题。
我正在阅读有关as.numeric函数的内容,但我无法理解如何使用它。
因此,您能否给我一些建议?
提前感谢您。
最好的问候, Anna
PS: 我尝试了以下方法:
anna3<-"data/anna/anna.file.txt"
anna.total<-read.table(anna3,header=TRUE)
anna.total$score.new<-as.numeric (as.character(anna.total$score))
write.table(anna.total,file="peak.list.numeric.v3.txt",append = FALSE ,quote = FALSE,col.names =TRUE,row.names=FALSE, sep="\t")
anna.peaks<-subset(anna.total,fdr.new <=0.001)
Warning messages:
1: In Ops.factor(score, 0.001) : <= not meaningful for factors
我又遇到了同样的问题……
as.numeric()
。还有一个需要注意的地方,我会相应地编辑我的答案。 - Gavin Simpsonscore
或者你的原始数据。很多事情都取决于文本文件的格式以及你如何读取它。 - Gavin Simpsondput(head(ann.total, n = 10))
的输出。然后,我们可以在我们的R会话中使用这个来准确加载您拥有的内容(好的,10行价值)。 - Gavin Simpson