如何忽略错误并继续处理列表项？

Question

我正在使用一个包装函数，将几百个数据集通过glm.nb拟合。没有什么花哨的东西，只需通过llply传递每个列表项，然后使用glm.nb进行拟合，将系数写入data.frame并将其返回。

毫不奇怪，对于某些数据集，glm.nb无法收敛。与其让函数报错并停止，我更希望它继续处理剩余的数据集，并在可能的情况下返回结果。

我的第一次尝试是这样的：

res.model <- function(x)
       {
       res <- try(invisible(glm.nb(x~y, data=x)))
   if(!("try-error" %in% class(res)))
       {
    return (data.frame(site=unique(x$site_name),species=unique(x$species),coef=res$coefficients[2]))
       }
 }

任何关于更通用的忽略错误的想法，以便我可以使其工作？

- Maiasaura

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我对plyr不是很了解，但是根据介绍指南中提到的failwith()能帮助吗？http://had.co.nz/plyr/plyr-intro-090510.pdf - Chase

可能相关：https://dev59.com/ik7Sa4cB1Zd3GeqP1THq - nico

Answer 1

我有一个nls()函数需要运行，它遇到了相同的问题。我正在将回归应用于数据框中的每个组，但这个逻辑对您也应该适用（我认为）：

 dlply(myData, c("group1", "group2"), function(df){  
       tryCatch(nls(depen ~ exp(a1 + b1 * year) , data=df, start = list(a1 = -1, b1 = 0), na.action=na.omit), error=function(e) NULL)

所以，如果我要猜测如何将它应用到您的情况中，那么可能是这样的：

res <- trycatch(glm.nb(x~y, data=x), error=function(e) NULL )

按照我的使用方法，每当回归不收敛时就会产生NA值。你可能想采取不同的方法。

- JD Long

Answer 2

你也可以在plyr中使用failwith函数。如果f是你要传递给plyr的函数，你可以传递该函数。

safef = failwith(NA, f)

当然，你可以将 NA 替换为函数失败时需要返回的任何值。这段代码直接从 failwith 的示例中提取而来。

- Ramnath