安装软件包-无法打开文件-权限被拒绝。

Question

我正在使用RStudio，试图安装dplyr软件包。我已经顺利安装了其他各种软件包，但是在这个软件包遇到了问题。

安装似乎有多个部分，其中一些部分可以正常工作，但当我获取“依赖项BH”时出现了问题。这是错误信息：

>Installing package into ‘\\xxxxxxxx.local/Desktops/jagnew/My Documents/R/win-library/3.3’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    also installing the dependency ‘BH’
    
>trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/BH_1.62.0-1.zip'
    Content type 'application/zip' length 16150075 bytes (15.4 MB)
    downloaded 15.4 MB
    
>trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.3/dplyr_0.5.0.zip'
    Content type 'application/zip' length 2556205 bytes (2.4 MB)
    downloaded 2.4 MB
    
>Error in install.packages : cannot open file '\\xxxxxxx.local/Desktops/jagnew/My Documents/R/win-library/3.3/file142032c9327b/BH/include/boost/function/detail/gen_maybe_include.pl': Permission denied

由于文件未下载到正确的文件夹，我已更改目录/库路径。 现在，file142032c9327b已位于正确路径中，但错误指定的路径仅正确到/boost，这里没有功能文件夹。 我不确定该缺失的文件夹是否是问题所在，因为错误显示“权限被拒绝”，但这似乎很奇怪。

- agwah

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我遇到了同样的问题，发现我的杀毒软件（Avast）阻止了对该文件的访问。一旦我告诉Avast允许访问，一切都正常了。 - Harpagus

如果在Windows中以管理员身份安装了R（或带有R的RStudio），并且您尝试安装或更新软件包，但缺少权限，则需要以管理员身份运行安装程序，或避免以管理员身份安装。 - R Yoda

Answer 1

我遇到了同样的问题。尝试以下方法，对我有效：

1. 以管理员身份运行RStudio
2. 在“Packages”选项卡下，点击“Install”，将“Install to Library”选项更改为“C:/Program...../R/../library”，然后选择要安装的包。

希望这能解决问题。

- Shubham Yadav

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你如何以管理员身份运行RStudio？“Packages”选项卡在哪里？在RStudio 1.4.1103中没有这样的选项卡。 - Yozef

我还没有检查过1.4版本，但在1.3版本中，它可以在“工具”->“安装包”下找到。您可以通过右键单击exe文件并选择“以管理员身份运行”来运行它。如果可以的话，请告诉我。谢谢。 - Shubham Yadav

我已经尝试在 R 版本 4.2.1 中以管理员身份运行，但它根本没有像您在此处列出的那样给我第二个“安装到库”选项。只列出了默认目录。 - Shawn Hemelstrand

Answer 2

我遇到了同样的问题。每当我尝试安装新的或更新现有的包时，R会给我一个错误消息。我不记得消息的确切内容，但它在说“无法打开文件(...)访问被拒绝”。我尝试了以下所有方法。不确定是什么确切地解决了问题，但现在我可以更新和/或安装新的包：

1. 以管理员身份打开R / RStudio；
2. 更改R库文件夹（包安装位置）的安全设置，授予我的计算机用户帐户完全访问权限。链接1，链接2；
3. （我认为这就是解决问题的方法）按照此链接上的说明操作。它提示我安装另一个包“devtools”。然后它就起作用了。

- SenshiKudo

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我发现它只适用于一个软件包，“lme4”。我尝试安装其他任何软件包时都遇到了同样的问题。然而，我发现上面提到的评论是解决方案：“我遇到了同样的问题，并发现我的杀毒软件（Avast）正在阻止对文件的访问。一旦我告诉Avast允许访问，一切都正常了。” - [Harpagus] (https://stackoverflow.com/users/8491365/harpagus) -- 感谢@Harpagus - SenshiKudo

Answer 3

我认为我的问题是特例，但它可能对某些人有所裨益。我将 Windows Defender Ransomware Protection 设置为ON。这默认情况下会阻止rsession.exe。允许rsession.exe可以解决这个问题。

- Rami Alloush

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检查是否在Windows勒索软件防护中包含了/path/R.exe。从file.path(R.home("bin"), "R")获取路径。 - ishonest

Answer 4

TL;DR

"Documents"（或"My Documents"）目录是Windows中的一个特殊位置。我不知道系统本身是否以不同的方式处理其权限，或者杀毒软件是否更严格地针对此目录内部的操作，但许多R用户在此文件夹内的个人库中安装包时会遇到问题（即使以管理员身份运行R也是如此）。其他答案都没有起作用。

对我而言，解决问题的方法是将个人库直接放在X:\\Users\username\下，而不是放在默认的Documents下。为了使其永久化，我设置了一个用户环境变量R_USER为%USERPROFILE%。这里有一个很好的指南，介绍了如何在Windows中设置环境变量。

注意：更改后，您可能需要将您的.Rprofile、.Renviron等文件从Documents移动到用户配置文件目录。

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Details

在Windows上，R的用户“主目录”的默认位置是X:\\Users\username\Documents。这是因为Windows中没有HOME的概念，只有一个“个人”目录（Documents）：https://cran.r-project.org/bin/windows/base/rw-FAQ.html#What-are-HOME-and-working-directories_003f

因此，默认情况下，个人库位置在X:\\Users\username\Documents\R\win-library\X.Y\下。您可以在R控制台中使用以下命令获取您机器上的确切位置：

Sys.getenv('R_LIBS_USER')

当我尝试安装或更新软件包时，即使以管理员身份运行，也会出现相同的“无法打开文件”错误。我怀疑是目录权限问题，但在目录的“属性”中检查后并没有解决。我删除了整个R\win-library目录树并重新创建它，但仍然出现错误...最后，我尝试将个人库位置移动到我的用户目录：

.libPaths('X://Users/username/R/win-library/X.Y/')

它起作用了！

- leogama

Answer 5

Warning in install.packages :
  cannot create file '/usr/local/Cellar/r/3.6.2/lib/R/doc/html/packages.html', reason 'Permission denied'
Warning in install.packages :
  cannot update HTML package index

当我尝试下载一个名为ISLR的pkg时，遇到了相同的权限问题。按照上面的答案后问题得到解决。

如果有一些像我一样不熟悉R studio的人，这是我安装pkg的步骤：

1. 在R studio中，在Console旁边点击Terminal

2. 输入sudo r，以管理员身份运行r

3. install.packages("ISLR")安装您的包

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
https://cran.rstudio.com/src/contrib/ISLR_1.2.tar.gz
Secure CRAN mirrors

 1: 0-Cloud [https]                   2: Australia (Canberra) [https]
 3: Australia (Melbourne 1) [https]   4: Australia (Melbourne 2) [https]

4. 选择一个镜像站点，然后点击进入。

完成！软件包已安装。

- KailiC

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这对我有用！谢谢！ - undefined

Answer 6

这个过程对我有效。

• 使用remove.packages()删除现有的包
• 以管理员身份运行RStudio
• 通过指定libpath安装：devtools::install_github('https://github.com/Rdatatable/data.table/tree/frollmax', lib=.libPaths()[2])

- gaut

Answer 7

我遇到的解决方法是在库目录中手动删除更新出问题的文件夹，然后再次运行 install.package()。

- keremw

Answer 8

我也遇到了这个问题。唯一帮助我的解决方案是关闭防火墙。然后我就能够下载所有的软件包了。

- RickvH

Answer 9

在管理员模式下运行 R 并禁用防病毒软件后，我的问题得到了解决。

- khalid tounoussi

Answer 10

将 @Shubham Yadav 的答案转换成代码模式，大概是这样的：install.packages("your_package", lib = "C:/Program Files/R/R-4.0.3/library")

对于我来说，它是可行的（以管理员身份运行 RStudio，当然）。

- jgarces