在R中将目录路径作为参数传递

Question

在R中将目录路径作为参数传递

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我有一个简单的R函数，它通过lapply()来运行summary()，处理我指定目录下的许多CSV文件。该函数如下所示：

#   id -- the file name (i.e. 001.csv) so ID == 001. 
#   directory -- location of the CSV files (not my working directory)
#   summarize -- boolean val if summary of the CSV to be output to console. 
getMonitor <- function(id, dir, summarize = FALSE) 
{
    fl <- list.files(dir, pattern = "*.csv", full.names = FALSE)

    fdl <- lapply(fl, read.csv)

    dataSummary <- lapply(fdl, summary)

    if(summarize == TRUE)
    { dataSummary[[id]] }
}

当我尝试指定目录并将其作为参数传递给函数时，如下所示：

dir <- "C:\\Users\\ST\\My Documents\\R\\specdata"
funcVar <-  getMonitor("001", dir, FALSE)

我收到了以下错误：

文件(file, "rt")中的错误: 无法打开连接。另外：警告信息：在文件(file, "rt")中：无法打开文件 '001.csv'：没有那个文件或目录

但是，当我单独运行下面的代码时：

fl <- list.files("C:\\Users\\ST\\My Documents\\R\\specdata", 
                  pattern = "*.csv", 
                  full.names = FALSE)
fl[1]

它找到了我指向的目录，fl [1] 正确输出了 [1] "001.csv"，这是列出的第一个文件。

我的问题是，在尝试将此路径变量作为参数传递给我的函数时，我做错了什么。 R 无法以这种方式处理参数吗？我是否完全忽略了什么？我尝试过搜索并熟悉其他编程语言，所以说实话，我感到有点愚蠢/失败，因为现在被卡住了。

- Stephen Tetreault

在读取 csv 文件前加入 browser() 语句，并检查 fl 的内容。 - Paul Hiemstra

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你提供给 list.files 的 pattern 参数并不是你想要的。正确的模式应该是 '\\.csv$'。现在你所拥有的模式意味着“匹配零个或多个空字符，后跟任何字符和字母 csv”，这将匹配远不止以 .csv 结尾的文件。当使用 Sys.glob 时，这种模式就是你想要的。例如，你可以执行 Sys.glob(file.path(dir, '*.csv'))。 - Matthew Plourde

为什么同样的问题一遍又一遍地出现？如果你搜索r相关问题并且搜索"getmonitor"，你会发现在过去的一周里有五个相同的问题！ - rrs

@rrs 我在发帖之前尝试过搜索解决方案！如果我没有看到那些帖子并创建了重复的帖子，我很抱歉。 - Stephen Tetreault

这让我想知道这是否是一项作业任务。 - rrs

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@rrs 这不是一项家庭作业任务。我正在完成一些编程作业，来尝试快速掌握 R 语言以便于我的工作。这些作业来自 Coursera 的在线课程。 - Stephen Tetreault

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Justin · Accepted Answer

如果你直接使用有资格的路径将fl[1]传递给read.csv，那么你需要使用full.names=TRUE来获取完整路径，这样你的read.csv步骤就会正常工作。但是，你需要对if语句进行一些处理，才能使其再次正常运行。

你也可以扩展lapply函数，将目录和文件名粘贴在一起：

fdl <- lapply(fl, function(x) read.csv(paste(dir, x, sep='\\')))

或者将这个已粘贴的完整路径创建在一个单独的行中：

fl.qualified <- paste(dir, fl, sep='\\')
fdl <- lapply(fl.qualified, read.csv)

当你进行“粘贴”操作时，如果想要更加明确，我建议使用正则表达式regex，以确保你不会将带有尾部斜杠的目录传递给其他人：

fl.qualified <- paste(gsub('\\\\$', '', dir), f1, sep='\')

或类似的东西。