默认的R个人库位置为空。

Question

我将我的Ubuntu 16.04机器更新到了R 3.4.1。在安装第一个非必需的软件包（例如lubridate）时，我收到了以下消息：

 

您想创建一个个人库“ null”以安装软件包吗？

这在RStudio和命令行R中都发生了。我通过apt-get卸载了r-base-core并重新安装了r-base和r-base-dev，但仍然存在问题。

我注意到 /etc/R/ 目录包含四个瞬时文件，它们在安装过程中暂时存在，但在完成 apt-get install r-base r-base-dev 时已经消失了。我再次重新安装以快速抓取并粘贴这些文件到桌面。重新安装后，我将它们复制到 /etc/R/ 中：

~/Desktop/temp$ sudo cp repositories.dpkg-new /etc/R/repositories
~/Desktop/temp$ sudo cp Rprofile.site.dpkg-new /etc/R/Rprofile.site
~/Desktop/temp$ sudo cp ldpaths.dpkg-new /etc/R/ldpaths
~/Desktop/temp$ sudo cp Makeconf.dpkg-new /etc/R/Makeconf

第二步是取消下面的第二行注释，该行位于/etc/R/Renviron中。显然，这是由@dirk-eddelbuettel对r-base包装的最近更改。

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}
##R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R/3.4/library'}

我有一个由两个部分组成的问题：

1. 上述过程是否推荐，或者我应该采取不同的方法？（例如，类似于设置R_LIBS并避免“Would you like to use a personal library instead?”的提醒。）
2. 在这台机器上，未来的R升级是否需要执行这两个步骤？

- wibeasley

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我刚刚取消了R_LIBS_USER的注释，这似乎已经足够了 - 我很想知道首选方法是什么。 - user20650

比较Ubuntu 17.04 Zesty默认软件包版本（3.3）Renviron和Cran（3.4.1）。看起来像是一个软件包问题。这可能没有被注意到，因为只影响新的安装。我建议取消注释，并编辑以保持相同的文件夹格式：以“3.4.1”结尾。R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4.1'} - Gustavo Garcia

Answer 1

你很接近了。问题在于没有检查兼容性就将这些行“注释掉”。如果你尝试在REPL中手动安装库，例如使用以下命令，同样会出现相同的问题：

install.packages("survival")

与“null”不同，您会收到一个“NA”错误。

如果您希望在未来的R升级中避免麻烦，请按以下步骤操作：

1.将/etc/R/Renviron还原为包默认设置，以便下次升级时不会要求您的输入（或者只是被覆盖）。

2.在您的主目录下添加Renviron文件，例如$HOME/.Renviron，并添加以下内容：

R_LIBS_USER="${HOME}/R/${R_PLATFORM}-library/3.4.1/"

个人建议，在每次R升级后重新安装所有库。因此，我会将“3.4.1”更改为我拥有的新版本的“3.4.2”，然后重新安装库。

如果您不想重新安装库，则可以尝试完全删除版本子目录，例如：

R_LIBS_USER="${HOME}/R/${R_PLATFORM}-library/"

这样，R将立即看到您的旧库。

注意：很遗憾，我无法找到将R版本放入Renviron中的方法，但可以使用.Rprofile实现这一点（因为它可以包含R代码）。

- Fabio

Answer 2

在您的计算机上，当前的库名称以您的 R 版本命名。

例如，我的当前库是：

.libPaths()
[1] "/home/colin/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3"

我的当前R版本是3.3。

因此，每次更新R，您都会遇到这个库问题。请注意，您可以使用.libPaths(new = "path/to/your/lib")设置路径以使用旧的库或将旧库复制并粘贴到新库中。

Colin

- Colin FAY

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我认为我理解路径构建（以及它反映了R的版本）。但是我不认为我曾经需要更改该设置（例如，在Renviron文件中）在我使用这台计算机的约3年时间内。 - wibeasley

Answer 3

我发现对我来说最合适的解决方案是编辑/etc/R/Renviron.site：

# nano /etc/R/Renviron

取消注释设置R_LIBS_USER环境变量的行。

Et voilà！

我可以再次在R中使用library()，require()和install.packages()。

- cesaramirezfr