projectRaster消耗过多内存

Question

projectRaster消耗过多内存

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我正在R语言中进行一些空间处理工作，但是突然之间我的代码在我使用了多年的电脑上无法运行，具体原因是它“内存不足”。

## Raster going in
xx <- raster(fatNames[[i]])
xx
class       : RasterLayer 
dimensions  : 5160, 14436, 74489760  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -172.3, -52, 23.5, 66.5  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : D:\Dropbox\wintor_aux\Results\myluFatReq_100_2_fat.inf.tif 
names       : myluFatReq_100_2_fat.inf 
values      : 0.1831425, 3.449095  (min, max)

## transform
x.rast <- projectRaster(xx,crs = CRS("+init=epsg:2955"))

错误：无法提供4.2GB的充足向量。

我知道这是一个相当大的光栅文件（输入光栅大小：75.5 MB），但是机器有32GB的RAM，没有其他程序在运行，仍然导致内存不足。我多年来做过很多类似的事情，据我所知，自从上个月最后一次这样做以来，机器上没有任何改变。

我尝试重新启动会话和计算机，并进行了一些Google搜索，但仍然无法解决问题。当我在RAM减半的机器上尝试相同的代码块时，我能够轻松运行它（最大使用8GB RAM）。有人有什么建议如何追踪此问题吗？

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_New Zealand.1252  LC_CTYPE=English_New Zealand.1252   
[3] LC_MONETARY=English_New Zealand.1252 LC_NUMERIC=C                        
[5] LC_TIME=English_New Zealand.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] raster_2.6-7         rgdal_1.3-3          sp_1.3-1             sf_0.6-3            
[5] RevoUtils_11.0.1     RevoUtilsMath_11.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.18    lattice_0.20-35 class_7.3-14    grid_3.5.1      spData_0.2.9.0 
 [6] DBI_1.0.0       magrittr_1.5    e1071_1.7-0     units_0.6-0     tools_3.5.1    
[11] yaml_2.2.0      compiler_3.5.1  classInt_0.2-3

- Reed

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Robert Hijmans · Accepted Answer

您应该首先将raster软件包更新到其当前（CRAN）版本。这可能可以解决问题。如果无法解决，这可能是一个棘手的问题，您可以通过将内存参数设置为较低的值来解决。在当前版本中，您可以使用rasterOptions（memfrac =.3）来实现此目的。在当前和旧版本中，您也可以尝试rasterOptions（maxmemory = 1e + 08） 顺便说一下，您对+proj = utm + zone = 11的转换似乎相当可疑，因为输入数据的经度跨度为（172.3-52）= 120度 --- UTM适用于大约6度的跨度，请不要在示例中使用espg代码。