在R中进行网络模块化计算

Question

网络模块性的方程式可以在其维基百科页面（以及权威书籍）上找到。我想看到它在一些代码中运行。使用R（The R Foundation for Statistical Computing）与igraph一起使用modularity library，可以实现这一点。

我想看到下面的示例（或类似示例）在代码中用于计算模块性。该库提供了一个示例，但并不是我想要的。

让我们有一组顶点V = {1, 2, 3, 4, 5}和边E = {(1,5), (2,3), (2,4), (2,5) (3,5)}，形成一个无向图。

将这些顶点分为两个社区：c1 = {2,3}和c2 = {1,4,5}。需要计算这两个社区的模块性。

- ale

Answer 1

library(igraph)
g <- graph(c(1,5,2,3,2,4,2,5,3,5))
membership <- c(1,2,2,1,1)
modularity(g, membership)

这里有一些解释：

1. 创建图表时我使用的向量是图的边缘列表。（在igraph 0.6之前的版本中，我们需要从数字中减去1，因为igraph当时使用基于零的顶点索引，但现在不再需要）。

2. 成员向量membership的第i个元素给出了顶点i所属社区的索引。

- Tamás

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谢谢Tamás。你是怎么想到membership <- c(1,2,2,1,1)的？我可能没有正确理解，但对于第一个边（1,5），你说它属于社区1，但顶点1和5属于社区2？ - ale

是的，我混淆了；在我的向量中，顶点1、4和5属于社区1，而顶点2和3属于社区2。 - Tamás

注意，会员向量必须从零开始计数（根据文档要求）。 - Pomber

@Pomber：实际上，这并不重要，因为模块化公式只关心两个顶点是否属于同一个社区，所以将成员向量移位任意常数是安全的。然而，igraph函数始终返回基于零的成员向量是正确的。 - Tamás

也许较新的iGraph库已经改变了一些东西，但是上述图形“g”在被实例化时会产生错误。与上面的评论相反，根据文档(http://igraph.org/r/doc/modularity.html)，成员向量现在必须从1开始。 - Megatron

是的，自igraph 0.6版本起，igraph的R接口从基于0的索引更改为基于1的索引，以与R的其余部分更加一致。我会更新这篇文章。 - Tamás