使用提供的节点坐标绘制 ggraph 图表

Question

使用提供的节点坐标绘制 ggraph 图表

3

如题所述，我有一个使用igraph::sample_grg()创建的图形对象，我希望使用ggraph绘制该图形，并根据节点属性x和y定位节点。我尝试过以下内容：

创建图形：

set.seed(1234)

library(igraph)
library(ggraph)
library(tidygraph)

g <- sample_grg(5, 0.4, torus = FALSE, coords = TRUE)

图表带有 x 和 y 属性，应该是节点的位置。

vertex.attributes(g)
$x
[1] 0.009495756 0.113703411 0.609274733 0.666083758 0.860915384    
$y
[1] 0.6222994 0.6233794 0.6403106 0.2325505 0.5142511

尝试 1

ggraph(g) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

Error in graph_to_tree(graph, mode = direction) : Graph must be directed

我没有或不想要一个有向图。

尝试2

l1 = data.frame(x = V(g)$x, y = V(g)$y)

ggraph(g, layout = l1) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

Error: `data` must be uniquely named but has duplicate columns
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.

第三次尝试

l2 <- create_layout(g, layout = l1) 
l2 <- l2[,-c(1:2)]

ggraph(l2, layout = l2) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

Error in .register_graph_context(attr(plot$data, "graph"), free = TRUE) : 
  is.tbl_graph(graph) is not TRUE

尝试 4

g2 <- as_tbl_graph(g)

ggraph(g2, layout = "manual") +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

Error in eval_tidy(x, .N()) : object '' not found

在参考这个问题后，尝试第5次：

ggraph(g, layout = "manual", circular = FALSE, node.positions = l1) +
  geom_edge_link() + 
  geom_node_point()

Error in layout_fun(graph, circular = circular, ...) : 
  unused argument (node.positions = list(c(0.0612166156060994, 0.0649281670339406, 0.250601968728006, 0.726055516628549, 0.916498943232), c(0.979841426480561, 0.450912220636383, 0.283102283952758, 0.782102265860885, 0.663251199992374)))

我感觉自己错过了一些非常显而易见的东西，如果有建议将不胜感激。

- flee

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- ThomasIsCoding · Accepted Answer

由于您在生成g时启用了coords = TRUE，因此布局坐标的名称已经被赋予为x和y。

为避免冲突，应将布局l1命名为不同的列名，例如lx或ly。

l1 <- data.frame(lx = NA, ly = NA)

ggraph(g, l1) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

如果您禁用coords = ，即：

g <- sample_grg(5, 0.4, torus = FALSE, coords = FALSE)

然后您可以使用列名x和y提供自己的坐标（如果您没有指定这些值，将不会产生这样的列），例如：

l1 <- data.frame(x = 1:5, y = 5:1)

ggraph(g, l1) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

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