Git add .在子目录上失败，即使被忽略了一个.git文件夹，该如何处理？

Question

Git add .在子目录上失败，即使被忽略了一个.git文件夹，该如何处理？

4

我们有一个深层次的目录结构，不同层级上有多个README文档。例如：

gitignoretest/
|-- 00README
|-- dir1
|   |-- 00README
|   |-- dir1
|   |   |-- 00README
|   |   |-- dir1
|   |   |-- dir2
|   |   |-- dir3
|   |   |-- file1
|   |   `-- file2
|   |-- dir2
|   |   |-- 00README
|   |   |-- dir1
|   |   |-- dir2
|   |   |-- dir3
|   |   |-- file1
|   |   `-- file2
|   |-- dir3
|   |   |-- 00README
|   |   |-- dir1
|   |   |-- dir2
|   |   |-- dir3
|   |   |-- file1
|   |   `-- file2
|   |-- file1
|   `-- file2
|-- dir3
|   |-- 00README
|   |-- dir1
|   |   |-- 00README
|   |   |-- dir1
|   |   |   |-- 00README
|   |   |   |-- dir1
|   |   |   |-- dir2
|   |   |   |-- dir3
|   |   |   |-- file1
|   |   |   `-- file2
|   |   |-- dir2
|   |   |   |-- 00README
|   |   |   |-- dir1
|   |   |   |-- dir2
|   |   |   |-- dir3
|   |   |   |-- file1
|   |   |   `-- file2

...
...

我们希望仅对00README文件进行版本控制。我们已经使用这个.gitignore进行了成功测试。

.gitignore

# Ignore everything
*

# But not these files...
!.gitignore
!00README
# etc...

# ...even if they are in subdirectories
!*/

然而，在实际情况下，其中一个子目录是一个包含其自己的.git目录的conda安装。当我执行git add .时，它会出现以下错误消息：

fatal: Not a git repository: Applications/conda/lib/STAR-Fusion/STAR-Fusion.wiki/../.git/modules/STAR-Fusion.wiki

实际情况是 ../TopLevel/Applications/... 和 ../TopLevel/.gitignore。以下是我尝试过的方法：
../TopLevel/.gitignore

# Ignore everything
*
/Applications/conda/**/*
/Applications/miniconda3/**/*
/Applications/newconda/**/*

Applications/conda/**/*
Applications/miniconda3/**/*
Applications/newconda/**/*

/**/.git
**/.git

/**/.git/**
**/.git/**

# But not these files...
!.gitignore
!00README.md
!USE_APPS
# etc...

# ...even if they are in subdirectories
!*/

但没达到预期的目标。

编辑
针对 @VonC 提到的“取消跟踪”带有 .git 文件夹的子目录问题，我提供了一个全新创建的 git 仓库。注意：被添加为远程仓库的仓库是一个全新的 --bare 仓库。

balter@server:/home/.../TopLevel$ rmdir .git
balter@server:/home/.../TopLevel$ git init
Initialized empty Git repository in /home/.../TopLevel/.git/
balter@server:/home/.../TopLevel$ git remote add origin git@server.ohsu.edu:path/repo.git
balter@server:/home/.../TopLevel$ git status
# On branch master
#
# Initial commit
#
# Untracked files:
#   (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
#   .gitignore
#   00README.md
#   Applications/
#   InstallationPackages/
#   USE_APPS
#   gitignoretest/
nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track)
balter@server:/home/.../TopLevel$ git add .
fatal: Not a git repository: Applications/conda/lib/STAR-Fusion/STAR-Fusion.wiki/../.git/modules/STAR-Fusion.wiki

- abalter

你试过用 git add --all 而不是 git add . 吗？后者只适用于第一次提交，对吧？ - mickdev

好的，那是第一次提交 :) 但我刚刚尝试了 git add --all，仍然得到了相同的错误 :( - abalter

不行。执行了 rmdir .git; git init; git remote add origin git@......git; git add . 仍然出现相同的错误 :( - abalter

好的，我已经没有想法了... 我认为最好的办法是手动从conda文件夹中删除git... 没有git，就没有错误。 - mickdev

我猜每次我们运行 conda update 时，它都会回来，而且可能有很多包都有这个问题 :( - abalter

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1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- VonC · Accepted Answer

如果您想将整个树形结构视为一个存储库，则需要首先删除嵌套的.git子文件夹：参见“Initial push to GitHub Missing Sub Directory”。关于忽略规则，如果您想忽略除OOREMEADE文件以外的所有内容，则需要先排除文件夹。

*
!**/

然后你可以排除文件：

!00README

请确保这些文件在被跟踪之前是未被跟踪的（git status）

我们的应用程序目录中有一个conda安装，它似乎通过克隆git存储库来安装许多软件包。如果我删除所有的.git目录，那么每当我运行conda update时，要么会因为没有需要的存储库而失败，要么会重新克隆它们。

首先，不要忽略.git文件夹：它们的父文件夹表示一个嵌套的git repo。你要忽略的是该文件夹（.git文件夹的父级），这样git add .就不会记录一个gitlink（父repo索引中的特殊条目）

第二，"Not a git repository: .../../.git/modules/..." 表示 conda 嵌套存储库具有子模块，其conda 仍在进行中的支持：该 conda 安装文件夹需要 git submodule update --init --recursive 以初始化正确的嵌套子模块。