我需要为一些简单的表格数据创建一个存储文件格式，尝试使用HDF5但由于一些问题已经几乎放弃了，我想重新审视嵌入式数据库的使用，看看它们是否足够快适用于我的应用程序。
是否有一个信誉良好的嵌入式Java数据库可以将数据存储在一个文件中？我所知道的唯一一个是SQLite（有Java绑定可用）。我尝试过H2和HSQLDB，但开箱即用它们似乎会创建多个文件，而对我来说拥有一个数据库文件非常重要。
编辑：理论上较快的性能很重要。对象存储不是关键点；为了性能问题，我只需要存储整数和BLOBs。（仅一些字符串但没有性能关键）
编辑2：对于较大的数据集，存储数据效率很重要，因此XML不适合。
硝酸盐数据库http://www.dizitart.org/nitrite-database.html
NOsql Object (NO2 即 Nitrite) 数据库是一款开源的NoSQL嵌入式文档存储，使用Java编写，具有类似MongoDB API。它支持内存和单文件持久存储。
如果您使用带有PAGE_STORE选项的最新H2版本，则只需要一个文件即可。这是一个新功能，可能不够稳定。
Chronicle Map是一款纯Java嵌入式数据库。
It stores data in one file, i. e.
ChronicleMap<Integer, String> map = ChronicleMap
.of(Integer.class, String.class)
.averageValue("my-value")
.entries(10_000)
.createPersistedTo(databaseFile);
Chronicle Map is mature (no severe storage bugs reported for months now, while it's in active use).
Idependent benchmarks show that Chronicle Map is the fastest and the most memory efficient key-value store for Java.
我曾经使用过一种将数据保存到文件的对象数据库。它有Java和.NET接口。你可能想要查看一下。它叫做db4o。
你可能想要查看jdbm - 我们在几个项目中使用它，速度相当快。如果你将其用于ACID类型的应用程序，则会使用2个文件（一个数据库文件和一个日志文件），但如果不需要坚实的ACID，则可以直接降级到直接数据库访问（无日志文件）。
JDBM可以轻松支持整数和blob（任何你想要的东西），而且速度很快。它并不是为并发而设计的，因此如果有多个线程，你必须自己管理锁定，但如果你正在寻找一个简单、坚实的嵌入式数据库，那么它是一个不错的选择。
既然您提到了sqlite，我假设您不介意使用本地数据库（只要有良好的java绑定）。Firebird 与java兼容良好，并默认采用单文件存储。
如果您没有单文件存储的要求，那么H2和HSQLDB都是非常好的选择。
我想目前我会继续使用HDF5进行持久性数据存储，再与H2或其他数据库结合使用进行内存索引。我无法通过我所拥有的Java驱动程序让SQLite使用BLOBs，我也无法使嵌入式Firebird运行起来，而我也不信任H2的PAGE_STORE。