Anaconda Python：如何安装缺失的依赖？

Question

我正在尝试从这里安装graph-tool: http://anaconda.org/vgauthier/graph-tool，使用该页面上提到的命令。

我使用了给定的命令行:

conda install -c http://conda.anaconda.org/vgauthier graph-tool

我遇到了以下错误：

错误：无法找到图形工具的某些依赖项：pixman

因此，我尝试以类似的方式安装pixman：http://anaconda.org/rwest/pixman。

conda install -c http://conda.anaconda.org/rwest pixman

这个成功了。

然而，在尝试安装graph-tool时，仍然出现“找不到依赖项”的错误。为什么会发生这种情况，我该如何解决？我无法获取其他的错误信息。

- Szabolcs

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你用过conda install吗？ - Reblochon Masque

@ReblochonMasque 正如我在问题中提到的，我使用了链接页面中显示的精确命令。例如，conda install -c http://conda.anaconda.org/vgauthier graph-tool。 - Szabolcs

好的 - 也许你可以尝试执行以下命令 --> conda update conda --> conda update anaconda --> conda update graph-tool，看看是否有所帮助？（这是三个不同的命令）。错误信息是否给出了要安装的依赖项列表？ - Reblochon Masque

@ReblochonMasque，conda和anaconda已经是最新版本（但我仍然运行了conda更新命令）。conda update graph-tool失败，因为没有安装graph-tool。尝试安装graph-tool时显示的唯一错误是我在帖子中提到的（完整文本）。conda list pixman显示pixman已经安装。这可能是版本不匹配吗？我能否明确要求列出带有版本的graph-tool依赖项？ - Szabolcs

Answer 1

Conda需要一次性找到所有的依赖项。 -c 标志仅为该命令添加该频道。您需要运行 conda install -c vgauthier rwest graph-tool。但更简单的方法是将这些频道添加到您的配置中。

conda config --add channels vgauthier --add channels rwest

一旦您完成此操作，您只需运行

conda install graph-tool 

它将从这些渠道中获取信息。

- asmeurer

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但是如果您使用 vi .condarc，您会发现即使通过单独添加渠道，conda 也可以找到它们所有。 - dia

Answer 2

Anaconda 2020.11存在冲突依赖

在2021年4月使用Anaconda（版本2020.11）设置fedora-33虚拟机时，我遇到了冲突的依赖关系，因为graph-tool与python version 3.8.5不兼容。正如这里所指出的那样，解决方法是使用支持的Python版本（在我的情况下是3.7.9，因为我仍然从Anaconda版本2020.03开始）。

对于我来说，重要的是不要使用sudo安装Anaconda。 否则，一些conda-alias将无法正确设置（which conda应该给出一个大约30行的命令，其中包含一些if/else条件）。

以下是bash命令：

$ cd ~/Downloads/
$ wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh
$ sudo chown -R user:user /opt/  # needed in my case to avoid sudo for installing Anaconda and calling conda later
$ bash Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh  # location: /opt/anaconda3, run conda init: yes
$ source ~/.bashrc  # make command conda available. Like restarting terminal in this case.
$ conda create -n envGraphTool anaconda python=3.7.9
$ conda activate envGraphTool
$ conda install -c conda-forge graph-tool

并测试一下是否一切正常：

(envGraphTool) [user@f33 Downloads]$ which python
/opt/anaconda3/envs/envGraphTool/bin/python
(envGraphTool) [user@f33 Downloads]$ python -V
Python 3.7.9
(envGraphTool) [user@f33 Downloads]$ python
Python 3.7.9 (default, Aug 31 2020, 12:42:55) 
[GCC 7.3.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import graph_tool as gt
>>> exit()
(envGraphTool) [user@f33 Downloads]$

- Markus Dutschke