在一个Shell脚本中，如何结合使用`Rscript`和Unix命令？

Question

我目前正在尝试将一个R文件作为Rscript文件运行。我在script.sh文件中有以下代码：

#!/bin/bash
cd documents
module load r

#!/usr/bin/env Rscript
mem2 <- 4+5
packageVersion("data.table")
save.image("OUT.RData")

然而，似乎在使用 qsub script.sh 运行后，出现了错误，指出有几个命令无法识别。我做错了吗？谢谢！

- user1398057

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这都在同一个文件里吗？ - Matthew Lundberg

Answer 1

我认为您正在寻找shell中的“Here文档”。这允许将文本传递给另一个解释器。例如：

#!/bin/bash
cd documents
module load r

/usr/bin/env Rscript -<<EOF
mem2 <- 4+5
packageVersion("data.table")
save.image("OUT.RData")
EOF

这里调用 Rscript （从 /usr/bin/env）并且将所有接下来的行通过标准输入传递，直到遇到标记（这里是 EOF）为止。

- Matthew Lundberg