如何防止Graphviz中的边缘重叠

Question

我使用graphviz创建了一个图表，但问题是边缘彼此重叠（每行有5-7个节点），因此很难确定每个节点连接的节点。

我该如何使边缘不重叠？让它们相交也可以。

- David Rabinowitz

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阅读文档 https://graphviz.gitlab.io/_pages/pdf/neatoguide.pdf 的第4节，它说无法防止边缘重叠，并表示这是"未来工作的方向"。我有一个非常大的图形，所以 overlap=scale 会产生非常小的印刷效果，而 overlap=false 则非常密集！我希望有一种方法可以同时使用少量的 Voronoi 和 scale，而不是只能选其一。 - John Henckel

经过一些尝试，我使用dot -Granksep=2 -Gnodesep=1 -Grankdir=LR -Gsplines=ortho -Nshape=box 获得了不错的效果。您可以增加方框的大小和间距，并最终实现零重叠。不幸的是，neato和twopi不允许使用nodesep，所以您只能使用dot。 - John Henckel

Answer 1

我假设您有一个用dot布局的有向图。

我认为没有一个神奇的开关可以防止重叠边缘。Graphviz会尝试默认实现这一点。

以下是一些根据图形可能会有所帮助的建议：

• 边缘聚合器（concentrate=true）：将具有共同端点的多个边缘合并为单个边缘，并使部分平行边缘共享它们路径的一部分。
• 端口：边缘可以在特定端口（n，ne，e，se，s，sw，w，nw，w，c，_）上具有它们的起点和终点。根据边缘端口，边缘会改变其形式（样条曲线）。
• 不可见节点：引入不可见节点来路由边缘可能会产生期望的效果。

- marapet

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如何设置端口属性？ - dnivog

仅需在节点ID后添加冒号和端口即可（请参见https://graphviz.gitlab.io/_pages/doc/info/lang.html），例如`node1:ne -> node2:nw`。 - marapet

Answer 2

另一种方法是给图形添加一个overlap属性。允许的属性是scale（这将极大地增加输出的大小）或false（这不会增加太多的大小，但可能会导致边重叠在节点上）。

overlap = scale;

如果你正在使用 overlap=false，你可以通过添加属性 splines=true 来消除节点之间的边缘重叠：

overlap = false;
splines = true;

对于大型图形，这将明显减慢生成时间。

- Joel Rein

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我该在图表的哪里添加这些属性？我将它们插入图表的主体部分，但没有任何变化。 - Steven Lu

添加“graph [overlap=false, splines=true];”并不能解决我的边重叠问题。 - Steven Lu

DOT引擎不支持"overlap"。 - vertti

"overlap" 只涉及节点重叠，与边缘重叠无关。 - Ingmar Hupp

只是要注意这些可以在控制台上指定，像这样：neato -Goverlap=false -Gsplines=true -Tpdf inputFile > outputFile。 - Anssssss

Answer 3

即使是相当微不足道的图形，我也会使用graphviz (neato, fdp)来生成重叠部分。例如：

即使对于相当平凡的图表，我也使用graphviz（neato，fdp）来生成不重叠的图像。例如：

graph G {
0;
1;
2;
3;
0--1 ;
1--2 ;
2--3 ;
3--0 ;
}

在我的代码版本2.38.0中会产生一些交叉问题。

根据文档的建议，这种情况下可以尝试使用不同的随机种子。对于更复杂的图表，交叉是不可避免的，我不确定引擎为避免交叉付出了多少努力。

例如，对我来说这个方法有效：

neato -Gstart=5 file.dot -Tps -o file.ps

- alfC

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现在（2018-05-31）链接似乎已经失效了。这个链接可以使用：https://graphviz.gitlab.io/faq/#FaqNeatoEdgeCrossings - Ronie

@alfC 请跟随链接，我会解释命令行并提供一个例子。我正在使用neato和dot，在这两种情况下都有一些边缘被轻易地穿过。 - skan

@skan，我找了但没找到命令行，你能在这里重复一下吗？ - alfC

我正在使用R中的Diagrammer。我告诉它使用内部Graphviz生成图形。我首先定义节点和边，然后定义一些属性，例如neato布局，并将所有内容存储在“graph”上。最后，我使用命令render_graph(graph)。 - skan

@skan，如果你非常幸运的话，也许可以劫持输出参数，将选项悄悄传递给命令行render_graph(graph, "-Gstart=5 file.eps")。 - alfC