ggplot热图生成不出结果

Question

ggplot热图生成不出结果

3

我有一个包含1000多个数据点的大型数据文件。它是从其他23个.csv文件（称为alltraj）合并而成的大型文件。

它的格式看起来像这样：

    Track   X1        X         Y
1    Point    1 148.5000 306.83333
2    Point    2 149.8333 306.83333
3    Point    3 151.8333 307.16667
4    Point    4 152.5000 308.16667
5    Point    5 156.1667 309.16667
6    Point    6 159.1667 311.16667
7    Point    7 163.1667 311.83333
8    Point    8 166.5000 313.50000
9    Point    9 170.5000 316.16667
10   Point   10 177.1667 321.50000

其中X1是时间步长，而X和Y是鱼的位置。

我正在尝试使用以下代码制作我的X与Y轨迹频率热图：

(p <- ggplot(alltraj, aes(Y,X)) + 
    geom_tile(aes(fill = X1), colour = "white") + 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue"))

“然而，热力图完全未显示出来。看起来像这样：

有人能告诉我我在代码中缺少什么导致它没有显示吗？先谢谢了！编辑：这里是我正在尝试运行的前50行代码（很不幸，比较杂乱）：”

structure(list(Track = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = "Point", class = "factor"), 
X1 = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 
13L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 24L, 25L, 
26L, 27L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 
38L, 39L, 40L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 
50L, 51L), X = c(148.5, 149.8333333, 151.8333333, 152.5, 
156.1666667, 159.1666667, 163.1666667, 166.5, 170.5, 177.1666667, 
180.8333333, 183.5, 186.1666667, 191.8333333, 192.8333333, 
194.1666667, 195.8333333, 195.5, 196.8333333, 197.1666667, 
197.1666667, 197.1666667, 198.5, 198.5, 198.8333333, 198.5, 
197.5, 198.8333333, 199.5, 199.5, 199.5, 199.8333333, 200.8333333, 
199.8333333, 201.1666667, 201.8333333, 202.5, 203.1666667, 
203.1666667, 203.1666667, 204.5, 204.5, 204.5, 204.5, 204.8333333, 
203.8333333, 203.8333333, 204.8333333, 206.1666667, 206.5
), Y = c(306.8333333, 306.8333333, 307.1666667, 308.1666667, 
309.1666667, 311.1666667, 311.8333333, 313.5, 316.1666667, 
321.5, 323.8333333, 325.8333333, 326.1666667, 327.5, 332.1666667, 
338.1666667, 341.5, 346.5, 351.1666667, 355.8333333, 360.1666667, 
364.1666667, 368.5, 371.8333333, 375.1666667, 376.5, 381.8333333, 
385.8333333, 389.5, 392.8333333, 395.8333333, 400.1666667, 
405.1666667, 408.8333333, 413.5, 417.1666667, 420.8333333, 
424.8333333, 427.8333333, 429.8333333, 433.1666667, 434.5, 
435.1666667, 435.1666667, 436.8333333, 436.8333333, 437.5, 
438.8333333, 439.8333333, 440.1666667)), row.names = c(NA, 
50L), class = "data.frame")

似乎我的热力图比例有误。当我使用前10行时，点的大小很合适，但当我使用前20行时，点变小了。当我使用前30行时，点更小了。当我使用50行时，它们几乎无法辨认。如何增加点的大小？

- Chandler Nelson

2

我已经复制了你的数据和代码并执行了它。它生成了一个带有瓷砖的图形，正如你所期望的那样。我注意到你的X轴从200开始，并且你没有任何观测值x>200。 - KoenV

1

离题：如果您打算跟踪鱼的位置随时间变化的话，可以尝试使用geom_path。类似这样的代码：ggplot(alltraj, aes(Y,X)) + geom_path() + geom_point(aes(fill = X1), size = 2, shape = 21)。您还可以在geom_point中将size映射到X1。 - markus

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- asachet · Accepted Answer

你的代码生成了如下图所示的绘图：

alltraj <- readr::read_table("Track   X1        X         Y
Point    1 148.5000 306.83333
Point    2 149.8333 306.83333
Point    3 151.8333 307.16667
Point    4 152.5000 308.16667
Point    5 156.1667 309.16667
Point    6 159.1667 311.16667
Point    7 163.1667 311.83333
Point    8 166.5000 313.50000
Point    9 170.5000 316.16667
Point   10 177.1667 321.50000")

library("ggplot2")

p <- ggplot(alltraj, aes(Y,X)) + 
    geom_tile(aes(fill = X1), colour = "white") + 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

p

热力图不为空。这很可能意味着您的可重现示例实际上无法重现问题... 当您运行上面的代码时会发生什么？

如果您忘记添加层（例如，只调用了 ggplot 但没有 geom_XXX），则通常会出现空图。如果您认为已经添加了一层但忘记了加上 + 符号，也会出现此问题...

例如，如果您运行以下代码（请注意第一行末尾缺少 + 符号），则最终将得到一个空图：

p <- ggplot(alltraj, aes(Y,X)) 
    geom_tile(aes(fill = X1), colour = "white") + 
    scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

调查后编辑

使用geom_tile会在你指定的X和Y位置创建图块，这意味着你的X和Y已经按照网格排列！但是这里并非如此，结果就是产生了微小的图块（宽度为最小dX，高度为最小dY）。

解决方法是使用geom_bin2d，该函数首先对数据进行分组（即创建一个粗略的网格），然后再绘制。

在你的小例子中，差异不是很明显，但是图块已经变得更大了。您可以选择最合适的binwidth。

ggplot(alltraj, aes(x=Y, y=X)) + 
    geom_bin2d(colour = "white", binwidth=10)

但这也意味着您不能将X1用作fill（在分箱上下文中没有意义）。如果您需要绘制X1，则表示您正在使用错误的几何图形，热力图可能不合适。 Markus 在评论中建议您可能会对使用geom_path感兴趣。