我可以帮助您翻译以下内容,这是关于IT技术的:
我想在R中求两个基因组区间的交集。我还想获取较小区间对大区间的覆盖率统计信息。
大区间数据是一个像这样的数据框....
Chr Start End Name Val Strand
chr7 145444998 146102295 CCDS5889.1 0 +
chr7 146102406 146167735 CCDS5889.1 0 +
chr7 146167929 146371931 CCDS5889.1 0 +
超过200万行的较小间隔如下所示。
Chr Start End Name Val Strand PhyloP
chr7 145444386 145444387 CCDS5889.1 0 + 0.684764
chr7 145444387 145444388 CCDS5889.1 0 + 0.684764
chr7 145444388 145444389 CCDS5889.1 0 + 0.684764
chr7 145444389 145444390 CCDS5889.1 0 + 0.684764
数据帧中第二列(起始时间)和第三列(结束时间)包含间隔数据。
情况类似于
Large Interval: [-----] [-----] [--------------] [-------------------]
Small Interval: ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||| || ||||||||| || ||||||||
- 我想知道每个大间隔被小间隔覆盖的时间长度。
- 另外,我希望将每个大间隔相交的 $PhyloP 值关联起来,以便将来进行绘图时进行访问。