在Debian / Ubuntu中安装R包XML

Question

我刚开始使用Ubuntu并想编写R程序。我已经成功地从终端安装了最新版本的R（当前版本为2.12.2）。然后我尝试运行以下命令：

> install.packages("XML")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("XML") :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to create a personal library
'~/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12'
to install packages into?  (y/n) 

我应该创建个人目录还是我错过了某个允许我写入站点库的步骤。

提前致谢。

- Btibert3

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你是通过sudo还是普通用户启动了R shell？普通用户没有权限写入/usr/local/lib/，因此如果你先使用sudo启动R，则可以允许写入站点库目录。 - sarnold

最好使用/usr/local/lib/R/site-library/。毕竟，Unix是多用户系统。 - Dirk Eddelbuettel

谢谢 @sarnold，“sudo R” 对我有用。 - Femi Oni

Answer 1

sarnold的评论是非常正确的。在Debian（因此也包括Ubuntu）软件包中，目录/usr/local/lib/R/site-library/是由文件/var/lib/dpkg/info/r-base-core.postinst脚本创建的--相关代码如下：

# edd 03 Apr 2003  cf Section 10.1.2 of Debian Policy
if [ ! -e /usr/local/lib/R ]; then
  if mkdir /usr/local/lib/R 2>/dev/null; then
    chown root:staff /usr/local/lib/R
    chmod 2775 /usr/local/lib/R
  fi
fi
if [ ! -e /usr/local/lib/R/site-library ]; then
  if mkdir /usr/local/lib/R/site-library 2>/dev/null; then
    chown root:staff /usr/local/lib/R/site-library
    chmod 2775 /usr/local/lib/R/site-library
  fi
fi

所以该目录的所有者是root:staff，权限为2775，即“用户和组可读写，其他人只读”。因此，要在此处写入，您有两个基本选择：

1.始终使用sudo或成为root，这很麻烦。 2.将自己添加到staff组中。可能会有一个用户友好的GUI；我是Unix老派，通过手动编辑/etc/group和/etc/gshadow来完成这个步骤——之后你就可以直接安装（好吧，你需要一个新的shell才能拥有这些权限，或者只需启动一个新的终端）。当然，您也可以选择不同的组，或创建一个新组，但这样您还需要相应地改变/usr/local/lib/R/中的目录树。

希望这有所帮助。r-sig-debian列表是Debian / Ubuntu问题的友好场所，我推荐它。此类问题以前曾在那里提出过。

另外，相当数量的（更复杂的）软件包是Ubuntu / Debian的一部分，因此要获得XML，您可以直接运行sudo apt-get install r-cran-xml。运行apt-cache search r-cran以查看可用选项。

- Dirk Eddelbuettel

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"sudo adduser USER GROUP" 会将已存在的用户加入到已存在的组中。 - neilfws

选项2在Ubuntu 14.04上无法正常工作。 - Luís de Sousa

没错，你只需要注销并重新登录即可。 - John Manak

Answer 2

最简单的方法是将自己加入staff用户组。只需执行以下命令即可：

sudo adduser <user> staff

请使用您的用户名替换 <user>。

在 Ubuntu 14.04 中测试通过。

- Sina