图书馆不可写

Question

我在Ubuntu机器上使用R版本3.0.2（2013-09-25）进行软件包安装时遇到了问题：

install.packages("randomForest")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable

如何解决？

- Priya

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如果您正在使用终端，请只需执行 sudo R 命令。不过我无法确定这是否是一段要执行的脚本。 - bb8

不要仅仅使用sudo命令。这会导致读写权限的各种问题。 - emilBeBri

Answer 1

对于R版本3.2.2（2015-08-14），此问题应该得到解决，因为R在安装过程中建议使用不同的路径来存储您的R库。 安装过程如下所示： （这里以“random”作为示例软件包）

install.packages('random')

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("random") :
'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable

Would you like to use a personal library instead?  (y/n) y

Would you like to create a personal library
~/R/pc-linux-gnu-library/3.2
to install packages into?  (y/n) y

因此，在安装过程中，回答两个问题都用“y”应该可以正确安装包。

更新18/01/19

如果您不想将 R 包存储在额外的文件中：

正如Antoine-Sac 和 Robert TheSim所指出的那样，您可以将自己添加到 staff 组中，以便能够写入 'site-library'。（单击名称以查看其重要补充）

在此更新之前，我在此评论中提到了使用 'chmod o+w' 更改 'site-library' 文件夹权限的选项，以便能够写入它。假设存在安全问题但无法确定，我对此发出了警告，但主要是在等待有人解决此问题。Antoine-Sac 和 Robert TheSim 在此期间已经解决了该问题。谢谢！

- manuel_va

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你提到了“可能的缺陷”。有哪些可能的缺陷？如果我这样做，会不会意外破坏我的R安装？ - Nathan majicvr.com

回答两个问题都是“是”的话，有什么不利之处吗？ - Stephen

更改权限搞砸了我的安装！这还不够，我不得不按照这里的说明进行完全重新安装。 - agent18

抱歉，直到现在我才注意到你的评论。@Stephen：据我所知，用“yes”回答两个问题不会造成任何问题。个人库将自动创建。frank：更改文件夹“site-library”的权限没有在我的机器上引起问题。不幸的是，我无法为其他系统发表评论，正如Thej Kiran提到可能会出现问题。因此，确定的方法是自动创建库。 - manuel_va

不要那样做！设置 o+w 允许任何其他用户（也就是任何正在运行的进程）写入 site-library，这是一个安全问题。site-library 目录属于 staff 组。只需将自己添加到 staff 组（在 Debian 及相关系统中使用 sudo adduser <username> staff 命令，更通用的命令请参见下面的答案），然后您就可以写入它了，根本无需更改权限。 - asachet

Answer 2

如果你使用的是Windows系统，可以将R（或RStudio）以管理员身份运行。

关闭R后，找到R或RStudio图标，右键点击并选择“以管理员身份打开”。这样可以完美解决安装软件包时出现的所有错误信息。

- Seyi

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谢谢。你的回答帮了我，因为你提到了提升为管理员。我只是以管理员权限重新启动了命令编辑器，然后一切都很顺利。顺便说一下，我使用的是Windows机器，不是Linux。我不知道在Linux上是否也可以这样做。 - Abdulkarim Kanaan

在Linux中以特权运行程序非常容易，而且经常使用。要以root权限打开RStudio，请在终端中键入“sudo rstudio”命令。 - BanAnanas

您，先生，是一个传奇。 - Sidders

你配得上每一个可能的赞，伙计！ - Farid Huseynov

Answer 3

将自己添加到名为“staff”的群组中

sudo usermod -a -G staff your_user_name

用您的登录用户名替换your_user_name，然后注销并重新登录。

请勿使用chmod 777，这是一种安全漏洞，而且完全没有意义！

- Robert TheSim

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是的，这个完美地运作 - 只需要登录和退出rstudio。感谢指出site-library属于staff！ - asachet

whoami 命令是否提供了你正在使用的 your_user_name 变量？ - Kots

那个文件夹的所有者是root，而不是staff。 - giammi56

潜在的愚蠢问题：在哪里输入 sudo usermod -a -G staff …？命令提示符？R 终端？R 控制台？其他地方？ - Jade131621

@Jade131621 在终端中，这是一个 Linux Bash 命令。 - Mostafa90

Answer 4

对于那些试图使用install.packages()同时安装多个包的人：

install.packages("vcd","vcdExtra","plyr")

并且收到了类似的警告：

Warning in install.packages :
  'lib = "vcdExtra"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) cancel
Error in install.packages : unable to install packages

你应该将包名放入向量中:

install.packages(c("vcd","vcdExtra","plyr"))

install.packages() 的第二个参数是 lib。

- BanAnanas

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我遇到了相同的问题，直到意识到应该用c()将软件包名称括起来。因此，install.packages(c("vcd","vcdExtra","plyr")) 应该可以解决这个问题。 - Nikolay Nenov

install.packages("vcd","vcdExtra","plyr") should've been install.packages(c("vcd","vcdExtra","plyr")), the second parameter in the install.packages is lib - Ash

这在我的Windows 10上，R 4.0.5上运行良好。 - Claudio Paladini

这是一次安装多个软件包的预期方式，因此我相信它应该可以在任何操作系统和版本上正常工作 :) - BanAnanas

嗨，Colin。因为这些警告非常相似，许多人在寻找解决该问题的方法时都能找到这个问题。我认为，如果我发布了我当时解决问题的解决方案，不会对任何人造成伤害。如果你愿意，你可以发布一个具体的问题，并回答我的答案，那里将会给你信用 :) - BanAnanas

Answer 5

问题在于默认安装位置是一个您没有写入权限的地方。

解决方案是使用一个您拥有写入权限的安装位置。

具体地说，我建议使用以下命令在不需要特殊权限的位置创建个人库文件夹，下一次启动R时会自动检测到：

dir.create(Sys.getenv("R_LIBS_USER"), recursive = TRUE)  # create personal library
.libPaths(Sys.getenv("R_LIBS_USER"))  # add to the path

install.packages("randomForest")  # install like always
library(randomForest)  # use library like always

调用dir.create的建议遵循了此FAQ，创建一个按照Sys.getenv("R_LIBS_USER")命名的文件夹。这是个好选择，因为在下次启动R时可以找到它，这样您就可以使用install.packages和library而无需指定特定的位置。调用.libPaths函数让我们避免重新启动R，在库路径中立即添加新文件夹。前两行仅在未创建个人库时需要，但重复运行它们不会造成任何损害。之后，安装包和使用库可以像往常一样进行。

- teichert

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我在Linux中遇到了同样的问题，这就是解决它的答案。谢谢！ - Francisco

Answer 6

这句话的意思就是说，你在这个文件夹中没有写入权限。你需要 更改该文件夹的权限，或者更改R库位置。

- shadowtalker

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谢谢您先生..！我还有一个问题不太清楚.. 我在安装Rstudio中的rgl包时遇到了错误。 install.packages("rgl") 我得到了以下错误信息：Package LibPath Version Priority Depends Imports LinkingTo Suggests Enhances License License_is_FOSS License_restricts_use OS_type Archs MD5sum NeedsCompilation Built. - Priya

第三个选项（见下文）：将自己添加到“staff”组中，这将使您有权限在该文件夹中写入。 - asachet

Answer 7

如果您正在使用Windows 10操作系统，则可能启用了勒索软件保护。您需要将其禁用。

我曾经遇到过同样的问题，我有写入访问权限，但突然间它停止了。我无法安装软件包。禁用勒索软件保护对我有用。

"最初的回答"

- Mohammed Sourav

Answer 8

"“XX”不可写"的错误也可能意味着您提供的库路径不存在。"

- Ljupcho Naumov

Answer 9

也许可以尝试使用sudo chmod +777 #nameoflib
这对我有用

- Fish Ung

Answer 10

我注意到如果RStudio被沙盒化，它会给出“不可写”的警告。

- ASKING