Python实现的BLAST对齐算法？

Question

Python实现的BLAST对齐算法？

pythonalignmentblast

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有人知道纯Python实现的BLAST比对算法吗？我正在尝试学习这个算法...

- 234523458

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对于我们这些不是计算生物学家的人来说：http://en.wikipedia.org/wiki/BLAST - Joe Kington

2个回答

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可以尝试了解一下 BioPython：

http://biopython.org/

http://github.com/JoaoRodrigues/biopython/tree/GSOC2010

- poswald

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不，Biopython没有实现Blast，它调用了必须独立安装的经典NCBI BLAST可执行程序。 - joaquin

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- Pih · Accepted Answer

实际上，完整实现BLAST算法是相当困难的。它有许多步骤和优化。你可以做的是：查看O'Reilly的BLAST书籍，以获得非常好的解释。查看NCBI Blast代码库，它很大且难以一眼理解。或者，我建议你查看其他BLAST实现或其他算法，如BLAT和Genoogle（http://genoogle.pih.bio.br/）。