什么格式用于存储图形？

Question

我正在从其他来源提取的图表中工作。目前我们使用Python的networkx模块分析图表。

我现在面临选择存储图表格式的任务。对于纯粹基于Python的解决方案，Pickle似乎是一个很好的选择。然而，我们现在处于原型阶段，并且有很大的可能性需要转向C++以处理性能和可扩展性问题。

因此，我希望我的图表以广泛支持多数图表库的格式存储，以最小化未来项目贡献者面临的麻烦。

请您提供一些关于我应该使用哪种格式的建议？

- nofrills

Answer 1

TGF是您的解决方案。

Python示例：

 #!/usr/bin/python

import fileinput, re

depends = {}
for line in fileinput.input():
    m = re.match('(.+):\s*(.*)',line) # find every depenency line of the form "<item>: <dependencies>"
    if m:
        item = m.group(1)
        dependency_list = m.group(2)
        print item,item # node definition

        if dependency_list: # there are dependencies
            depends[item] = dependency_list.split() # store the list into a dictionary for later

print "#" # end of node list, start of edge list

for item in depends:
    for dependency in depends[item]:
        print item,dependency # edge definition

- Dmitry Zagorulkin

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极简和美。谢谢，先生。 - nofrills

Answer 2

我不确定这里是否非常相关，但是一个基于图形的数据库是否可以胜任这项工作？

您有几个选择，例如Neo4j或AllegroGraph，而且您很容易找到Python或任何其他语言的绑定，并且大多数解决方案都提供REST API。

注意，我提供的第一个链接并不是非常最新的，现在有更多的解决方案，即使它没有写上，Python的API也是可用的。您还可以查看此处（图形数据库部分）。

编辑 我发现这也可能是一个有趣的选择，它似乎是以JSON样式或分隔文本的格式处理和存储图形的合适格式：

• Geoff, The Easy Graph Format（易于使用的图形格式）

此外，您可能还想看看这里：

• Bulbflow，一个Python框架，用于图形数据库，它使用查询语言Gremlin，并兼容多个DB系统
• Gremlin，一种图形遍历语言（另请参见有关Gremlin的演示文稿, Bulb Gremlin API文档和neo4j的gremlin插件）

- cedbeu

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但肯定不是非常简约的解决方案:o) - cedbeu

是的，Neo4j在这里肯定是一个非常相关的选项。不幸的是，我没有找到Networkx的任何内置函数来处理这些数据库，但我正在研究它。 - nofrills

@user506877，嗯，我不清楚networkx是否支持neo4j，但是乍一看似乎没有支持。可能你可以使用类似于bulbflow之类的工具来很容易地进行接口连接...我在我的答案中添加了一些更详细的细节。 - cedbeu