将Python对象转换为rpy2格式

Question

将Python对象转换为rpy2格式

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以下代码旨在使用rpy2创建热图

import numpy as np
from rpy2.robjects import r
data = np.random.random((10,10))
r.heatmap(data)

然而，它会导致以下错误

Traceback (most recent call last):
  File "z.py", line 8, in <module>
    labRow=rowNames, labCol=colNames)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 418, in __call__
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args]
  File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 93, in default_py2ri
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o))))
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

从文档中我了解到r.heatmap需要“数字矩阵”，如何将np.array转换为所需的数据类型？

- Boris Gorelik

3个回答

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对于rpy2 2.2.4，我需要添加：

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

- brink

2

对于我来说（2.2.1），以下内容也有效（正如http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html上所述）：

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.numpy2ri import numpy2ri
ro.conversion.py2ri = numpy2ri

- flinz

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- unutbu · Accepted Answer

你需要添加

标签。

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

请参阅rpy2文档中的更多信息numpy部分（这里是旧版2.x版本）。

在2.2.x之前，仅导入就足够了。

仅导入就足以将numpy对象自动转换为rpy2对象。

为什么要将其作为可选导入项，而不是包含在函数py2ri()中（如原始补丁所提交的那样）？

虽然两种方法都是有效和合理的选择，但设计决策是为了尽量将rpy2与numpy解耦，并且不假设安装了numpy就意味着程序员想使用它。