这个问题是由Rmarkdown不输出系统命令结果到HTML文件所激发的。由于某种原因，R中的system()（或system2()）函数的输出不能被sink()或capture.output()捕获，因此目前没有办法让knitr记录输出内容。例如，在R控制台中：
> system('ls')
DESCRIPTION
NAMESPACE
R
README.md
inst
man
然而在一个knitr文档中，您将看不到输出，因为capture.output(system('ls'))是character(0)，即无法捕获输出。当然，我可以像我在那个问题的答案中提到的那样做cat(system('ls', intern = TRUE), sep = '\n')，但这有点尴尬。我想知道是否有一种方法可以捕获system()的输出，而不使用intern = TRUE和cat()。
更新：请参见https://github.com/yihui/knitr/issues/1203以获取我提供的解决该问题的hack。
我认为你无法做到这一点（至少在*nix系统上；我没有Windows/Mac系统），因为system似乎会隐式地返回执行的命令的值，而R似乎无法将命令的输出重定向到R控制台。
这是因为你的终端的stdout和R控制台的stdout不同。你在R会话中看到的是终端stdout和R进程输出的混合物。capture.output正在寻找R进程的输出，而不是父进程所有输出到stdout的输出。
你可以启动一个打印到stdout的进程，将其放在后台，然后启动R...你将在你的"R输出"中看到该进程的输出，类似于如果你从R运行了system("ping -c5 8.8.8.8")。
josh@computer: /home/josh
> ping -c5 8.8.8.8 & R
[1] 5808
PING 8.8.8.8 (8.8.8.8) 56(84) bytes of data.
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=1 ttl=46 time=39.9 ms
R version 3.2.4 Revised (2016-03-16 r70336) -- "Very Secure Dishes"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
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Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> 64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=2 ttl=46 time=38.1 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=3 ttl=46 time=38.3 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=4 ttl=46 time=38.4 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=5 ttl=46 time=38.3 ms
--- 8.8.8.8 ping statistics ---
5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 4003ms
rtt min/avg/max/mdev = 38.176/38.656/39.986/0.703 ms
> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
[1]+ Done ping -c5 8.8.8.8
josh@computer: /home/josh
>
您可以添加一个函数 knitr::system，它会屏蔽 base::system。用户可以像使用 system::base 一样使用它，但输出可以被 capture.output 捕获：
system <- function(...) {
stopifnot(!any(names(list(...)) %in% "intern"))
result <- base::system(..., intern = TRUE)
print(result)
}
我承认，这有点不正规，老实说，我也不确定可能会产生哪些副作用。但我认为值得一试。
system()输出的方法，我就不会用它。请看我在Joshua Ulrich答案下面的评论。 - Yihui Xiesystem中使用的ignore.stdout和ignore.stderr选项只会将>/dev/null或2>/dev/null重定向添加到command :) - daroczig
capture.output()捕获stdout，尽管这不是文档中所记录的（文档使用了一个模糊的词“output”，我不知道它是否意味着stdout）。例如，您可以capture.output((function() {print("Hello world!"); invisible("hi")})())，它会从print()中捕获Hello world!。我的实际问题是为什么print()的输出可以被捕获，但system()的输出却不能。要么是system()不写入stdout，要么是capture.output()并没有真正捕获stdout。 - Yihui Xiesystem函数正在使用stdout（与我的预期相反）。 - MichaelChiricocapture.output()究竟捕获了什么样的输出。 - Yihui Xiecapture.output的空间，该版本将拦截终端的stdout以及R控制台的输出？ - MichaelChirico