在ggplot2中叠加两个带有不同颜色比例的散点图

Question

我正在尝试在ggplot2中叠加两个散点图。目标是使数据点的外部根据一个变量（6个类别，factor）着色，而内部则使用另一个连续变量（numeric）的渐变颜色进行填充。

我写了两段代码，每一段都可以单独工作（请参见下面的截屏）。

    ggplot(PCA_isotopes_2, aes(x=PC1, y=PC2)) +
              theme_classic() +
              geom_point(aes(color = factor(subspecies)), shape = 1, size = 2.95, stroke=1, alpha=5/6) +
              scale_color_manual(breaks = c("gutturalis", "rg.hybrids", "rt", "rustica", "tg", "tytleri"), values=c("#0066CC", "#9933CC", "#FFCC99", "#CC0000", "#33CC99", "#FFFF00")) 

ggplot(PCA_isotopes_2, aes(x=PC1, y=PC2)) +
          theme_classic() +  
          geom_point(aes(color = carbon.ratio), size = 2.88, alpha=5/6) +
          scale_colour_gradient(low = "blue", high = "yellow")

当我尝试这样叠加它们时：

    p <- ggplot(PCA_isotopes_2, aes(x=PC1, y=PC2)) +
  theme_classic() +
  geom_point(aes(color = carbon.ratio), size = 2.88, alpha=5/6) +
  scale_colour_gradient(low = "blue", high = "yellow")

    p + geom_point(aes(color = factor(subspecies)), shape = 1, size = 2.95,         stroke=1, alpha=5/6) +
    scale_color_manual(breaks = c("gutturalis", "rg.hybrids", "rt", "rustica", "tg", "tytleri"), values=c("#0066CC", "#9933CC", "#FFCC99", "#CC0000", "#33CC99", "#FFFF00")) 

我看到以下错误信息：

“'color'的比例已存在。添加另一个'color'的比例，将替换现有的比例。 错误：提供了连续的值给离散比例。”

我花费了几个小时来尝试弄清楚它为什么不起作用。我非常感谢您的帮助！

谢谢， Georgy

- Georgy

Answer 1

一般来说，您只能映射一个美学元素。这里有一个解决方法，使用连续变量的fill美学元素作为替代方案，配合shape = 21。然而，我更喜欢完全映射到不同的美学元素，比如第二个版本中的shape。

library(tidyverse)
ggplot(iris, aes(x = Petal.Length, y = Petal.Width)) +
  theme_classic() +
  geom_point(
    mapping = aes(colour = Species),
    shape = 1,
    size = 3,
    stroke = 2,
    alpha = 5 / 6
    ) +
  geom_point(
    mapping = aes(fill = Sepal.Length, colour = NA),
    size = 2.88,
    alpha = 5 /6,
    shape = 21
  ) +
  scale_fill_gradient(low = "blue", high = "yellow")

library(viridis)
#> Loading required package: viridisLite
ggplot(iris, aes(x = Petal.Length, y = Petal.Width)) +
  theme_classic() +
  geom_point(
    mapping = aes(colour = Sepal.Length, shape = Species),
    size = 3,
    alpha = 5 / 6
  ) +
  scale_colour_viridis()

这段文字是由 reprex包 (v0.2.0) 在 2018-04-19 创建的。

- Calum You

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非常感谢，第一个示例正是我想要的。是否可以为第一个geom_point分配自定义颜色？ - Georgy

是的，我把它们拿掉了，因为这样看起来更不可读，但是您可以将scale_colour_manual放回去。 - Calum You

确实，第二个版本看起来更好。最后一个问题 - 如何在那里分配自定义形状？我尝试了这个：ggplot（PCA_isotopes_2，aes（x = PC1，y = PC2））+ theme_classic（）+ geom_point（mapping = aes（colour = carbon.ratio，shape = subspecies），size = 2，alpha = 5/6，scale_shape_manual（breaks = c（“gutturalis”，“rg.hybrids”，“rt”，“rustica”，“tg”，“tytleri”），values = c（0,1,2,5,6,3）））+ scale_colour_viridis（）。然后出现错误：“ggplot2不知道如何处理ScaleDiscrete / Scale / ggproto类的数据”。 - Georgy