使用fread函数读取带有正负符号的列，使用data.table包。

Question

我正在尝试使用fread函数将基因组比对结果读入R中的data.table对象。以下是比对结果文件的快照：

USI-EAS28:1:100:1786:674#0/1    +   1_maternal  68326824      CTCAATTATACTGAAAGAAACACAATATATCATA    IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
USI-EAS28:1:100:1786:940#0/1    +   16_maternal 11407541    CTATTAGTGACCTGCTGTGGGACCTTGGGATGGT  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
USI-EAS28:1:100:1786:705#0/1    +   1_maternal  63849584    CTGAGGGTTTGTGTCAGGAAGGGGTGTGGAATTG  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   0:T>C
USI-EAS28:1:100:1786:1168#0/1   -   5_maternal  31381649    GCATCATTCATGAAACAATTTTCAAGAGAGGAAA  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1787:582#0/1   +   10_maternal 54587781    CTACAATAATAATAGGGGACTAAAACACCCCACT  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1787:62#0/1    +   10_maternal 70390747     CTATTTGCTACTGAATTGTTAATTTTAAAACAGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:573#0/1   -   7_maternal  92583837     CACTGTCAACATTAGACAGACCAATGAGACAAAG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:854#0/1   +   7_maternal  129611206    GTTTGTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCATTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   32:C>T
 USI-EAS28:1:100:1788:185#0/1   -   13_maternal 23694307    CAAACAAACTCAAAATGGACTATCGACTGAAAAA  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   
 USI-EAS28:1:100:1788:1339#0/1  -   13_maternal 33699510    TTAACTCTAGTTTTTAGGGATTGCAAATTAGACG  IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII  0   0:A>G

第二列报告了读取对齐到的链 (+ 表示正向，- 表示反向)。不幸的是，fread 试图将此列读入整数，并始终将该值分配为0。应该将此列读取为字符，甚至是布尔值。尝试使用参数 sep 和 sep2 并没有帮助。

- Alvaro Gonzalez

Answer 1

感谢您的报告。现在在v1.8.9 commit 849中已修复。 +和- 现在被视为字符，并添加了测试。

另外，我们也打算添加colClasses，这样您就可以覆盖fread检测到的列类型。关于fread的待办事项列表在此源文件的顶部：
https://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/pkg/src/fread.c?view=markup&root=datatable

- Matt Dowle

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谢谢，马修。实际上，colClasses 是我首先想到的，但正如你所知道的，它只能作为 read.table 的参数工作；期待它也成为 fread 的参数！ - Alvaro Gonzalez

@AlvaroGonzalez 你好。实际上我不需要 colClasses。如果在 + 或 - 后面没有数字，它现在会将其读取为 character。可以从R-Forge repo获取，通常几个小时内就可以获得（当它显示 rev 849 和状态：current 时）。 - Matt Dowle

它跑得非常顺畅，@MatthewDowle。非常感谢你。 - Alvaro Gonzalez

@AlvaroGonzalez 没问题，感谢您的指出。请点赞（点击0上方的灰色三角形将其变为橙色），并接受此答案（点击大白色勾号将其变为绿色）。 - Matt Dowle