read.table函数和标准输入(stdin)

Question

我有一个制表符分隔的文本文件，想要使用read.table函数将其加载到R中。脚本的前几行如下：

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
data <- read.table(args[1], header=TRUE, sep="\t", quote="")
# process the data

这是可行的。我最初尝试让R从标准输入读取数据，但未成功。我的第一个尝试...

#!/usr/bin/env Rscript
data <- read.table(stdin(), header=TRUE, sep="\t", quote="")
# process the data

...似乎完全没有起作用。 我的第二种方法...

#!/usr/bin/env Rscript
data <- read.table("/dev/stdin", header=TRUE, sep="\t", quote="")
# process the data

我需要读取数据文件，但是（由于某些我不理解的原因），前20行左右会被破坏，这是一个大问题（特别是因为这些行包含头部信息）。有没有办法让read.table从标准输入中读取？我是否漏掉了什么非常明显的东西？

- Daniel Standage

Answer 1

?stdin提示：

stdin()指的是“控制台”，而不是进程级别的C语言‘stdin’。这个区别在GUI控制台（可能没有活动的‘stdin’，或者如果有的话可能没有连接到控制台输入），以及嵌入式应用程序中很重要。 如果您想访问C语言级别的文件流“stdin”，请使用file("stdin")。

并且：

当R从文件中读取脚本时，文件就是“控制台”：这是允许行内数据的传统用法...

这可能是观察到的行为原因。原则上你可以从标准输入中使用read.table - 但在大多数（几乎所有？）情况下，您将希望通过file('stdin')来执行此操作。

- Konrad Rudolph

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太棒了。使用file("stdin")而不是stdin()或"/dev/stdin"就解决了问题。 - Daniel Standage

九年过去了，read.table(file("stdin")) 仍然是个好用的技巧。 - Christopher Bottoms