使用无头显示器与rgl进行操作

Question

使用无头显示器与rgl进行操作

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我安装了 Xfvb 并创建了一个显示实例：

$ Xvfb :2 -screen 0 1280x960x24 &

我随后从源代码中分别安装了R 3.2.5和rgl 0.95.1441，并使用端口2上的DISPLAY连接打开了R。然后我尝试使用一些基本的rgl例程来运行测试rgl会话：

$ DISPLAY=:2 /usr/local/bin/R
R version 3.2.5 (2016-04-14) -- "Very, Very Secure Dishes"
...
> library(rgl)
> open3d()
> x <- sort(rnorm(1000))
> y <- rnorm(1000)
> z <- rnorm(1000) + atan2(x,y)
glX
 1
> plot3d(x, y, z, col=rainbow(1000))
> rgl.postscript("foo.pdf", fmt="pdf")
> sessionInfo()

这里的rgl.postscript()命令应该打印出一个包含传递给plot3d()的数据点渲染的PDF文件。然而，生成的PDF文件是空白的。

是否存在我安装或实例化Xvfb和/或R时的配置问题，导致显示问题？

以下是典型运行会话的日志：

R version 3.2.5 (2016-04-14)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Fedora release 14 (Laughlin)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base

other attached packages:
[1] rgl_0.95.1441  optparse_1.3.2

loaded via a namespace (and not attached):
[1] getopt_1.20.0 methods_3.2.5

5 XSELINUXs still allocated at reset
SCREEN: 0 objects of 136 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
DEVICE: 4 objects of 32 bytes = 128 total bytes 0 private allocs
CLIENT: 0 objects of 160 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
WINDOW: 0 objects of 48 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
PIXMAP: 1 objects of 16 bytes = 16 total bytes 0 private allocs
GC: 0 objects of 56 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
CURSOR: 0 objects of 8 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
CURSOR_BITS: 0 objects of 8 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
DBE_WINDOW: 0 objects of 24 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
TOTAL: 5 objects, 144 bytes, 0 allocs
4 DEVICEs still allocated at reset
DEVICE: 4 objects of 32 bytes = 128 total bytes 0 private allocs
CLIENT: 0 objects of 160 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
WINDOW: 0 objects of 48 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
PIXMAP: 1 objects of 16 bytes = 16 total bytes 0 private allocs
GC: 0 objects of 56 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
CURSOR: 0 objects of 8 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
CURSOR_BITS: 0 objects of 8 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
DBE_WINDOW: 0 objects of 24 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
TOTAL: 5 objects, 144 bytes, 0 allocs
1 PIXMAPs still allocated at reset
PIXMAP: 1 objects of 16 bytes = 16 total bytes 0 private allocs
GC: 0 objects of 56 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
CURSOR: 0 objects of 8 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
CURSOR_BITS: 0 objects of 8 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
DBE_WINDOW: 0 objects of 24 bytes = 0 total bytes 0 private allocs
TOTAL: 1 objects, 16 bytes, 0 allocs

除了 Fedora 14，我还测试了 CentOS Linux release 7.2.1511 下相同版本的 R 和 rgl。

在 Fedora 14 上，我运行的是：

xorg-x11-server-Xvfb.x86_64   v1.9.5-2.fc14

在CentOS 7系统上，我正在运行：

xorg-x11-server-Xvfb.x86_64   v1.17.2-10.el7

在两个测试服务器上，当我运行我的测试R脚本时，rgl.postscript()生成一个空白的白色PDF文件，rgl.snapshot()生成一个空白的黑色PNG文件（同时输出相同的Xvfb日志）。需要强调的是，我要创建的是包含渲染场景的矢量格式PDF文件。虽然rgl.snapshot()可以帮助排除问题的原因，但该调用返回的是PNG位图，而不是矢量格式的PDF。对于我的目的，位图不是最终产品有用的。

除了使用传递给它的DISPLAY变量设置运行R之外，我还使用了export。

$ DISPLAY=:2 /usr/local/bin/R

或者：

$ export DISPLAY=":2" 
$ /usr/local/bin/R
...

任何一种方法都会得到相同的结果。

如果有其他细节有用，请随时留下评论，我会尽力跟进。

无论 Fedora 14 还是 CentOS 7 盒子都不应该有专有的 libgl 驱动程序。据我所知，这些都是独立的无头服务器。Fedora 14 的盒子实际上是一个虚拟机。如果有特定的确认方式，请告诉我。

在 Fedora 14 无头服务器下安装了以下的 Xdummy 包：

xorg-x11-drv-dummy.x86_64   v0.3.4-1.fc14

在 CentOS 7 机器上：

xorg-x11-drv-dummy.x86_64   v0.3.6-21.el7

在CentOS 7服务器上，我运行Xdummy脚本来在:10上创建一个显示器。

$ sudo ./Xdummy -debug :10 -depth 16 -geom 1024x768

在另一个终端中，我运行R并测试rgl程序：

$ DISPLAY=":10" /usr/local/bin/R
...
> library(rgl)
> open3d()
> x <- sort(rnorm(1000))
> y <- rnorm(1000)
> z <- rnorm(1000) + atan2(x,y)
> plot3d(x, y, z, col=rainbow(1000))
> rgl.postscript("foo.pdf", fmt="pdf")

与 Xvfb 相似，生成的 PDF 文件是一个空白文档，不包含任何数据点。

- Alex Reynolds

我并不常使用Xvfb，但我认为它通常不会保留完整的显示缓冲区。这可能是可配置的；希望有人可以帮助解决。无头显示的备选方案是选择null设备，并使用rglwidget输出WebGL，然后在浏览器中查看（或打印）结果，或者可能使用新的writeASY函数编写Asymptote源代码，并使用它来产生Postscript。 - user2554330

感谢您的建议。为了澄清，我想自动化生成PDF输出，因此通过Web浏览器的交互式解决方案可能不适用于此处。 - Alex Reynolds

尝试使用rgl.snapshot创建一个PNG文件，这样可以行吗？另外，请发布您的sessionInfo - 这可能是相关的。 - Mike Wise

rgl.snapshot 调用返回指定尺寸的黑色空白 PNG 文件。我已经在我的问题中添加了 sessionInfo 记录。感谢您可能认为有用的任何反馈。 - Alex Reynolds

1

rgl.useNULL(TRUE) 可以用于 writeASY()（用于编写 Asymptote 代码）或 rglwidget()（用于编写 Javascript），但不能与 rgl.postscript 或 rgl.snapshot 一起使用。 - user2554330

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1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- cdlane · Accepted Answer

这似乎与rgl包密切相关。假设我们放弃Xvfb及其相关内容，转而使用Cairo，并将rgl替换为plot3D：

library(Cairo)
library(plot3D)
CairoPDF()
x <- sort(rnorm(1000))
y <- rnorm(1000)
z <- rnorm(1000) + atan2(x, y)
scatter3D(x, y, z)
dev.off()

这仍需要在X11下运行（即xterm），但避免弹出X11窗口，并在 Rplots.pdf 中留下一个PDF图形（当然，您可以控制文件名以及绘图的许多其他细节）。

（转换为JPEG格式以便在此处插入，但它实际上是PDF格式。）