pkgdown R包的build_site函数导致依赖包无法加载

Question

我正在使用pkgdown软件包来生成R包（称为RTCGA）的优雅静态手册页面。当我运行代码以将静态文档生成为网站时，我使用以下命令：

> pkgdown::build_site()
Initialising site -------------------------------------------------------------------------------------
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/jquery.sticky-kit.min.js'
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/link.svg'
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.css'
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.js'
Building home -----------------------------------------------------------------------------------------
Writing '/home/mkosinski/GitHub/RTCGA/docs/index.html'
Building function reference ---------------------------------------------------------------------------
Loading RTCGA
Welcome to the RTCGA (version: 1.5.1).
trying URL 'http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2015_11_01/data/ACC/20151101/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_mirnaseq__illuminahiseq_mirnaseq__bcgsc_ca__Level_3__miR_gene_expression__data.Level_3.2015110100.0.0.tar.gz'
Content type 'unknown' length 309876 bytes (302 KB)
==================================================
downloaded 302 KB

Warning: Topics missing from index: RTCGA-package, theme_RTCGA
Building articles -------------------------------------------------------------------------------------
Building article 'RTCGA_Workflow.html'
Building article 'Web_Applications.html'

这段代码在 RTCGA 包项目的根目录中进行评估，并提供了有关 RTCGA 已加载和文档已创建的信息。

但是我在大多数页面的文档中发现了一个错误 - 出现了以下错误：

错误：找不到“RTCGA.rnaseq”所需的“RTCGA”包

因此，无法运行任何示例。而且，在使用 build_site 后运行 library(RTCGA.rnaseq) 时，我无法再加载依赖的 RTCGA 包。

> library(RTCGA)
> library(RTCGA.rnaseq)
Error: package ‘RTCGA’ required by ‘RTCGA.rnaseq’ could not be found

当我在新会话中运行library(RTCGA.rnaseq)而不调用pkgdown::build_site时，依赖的RTCGA包正常加载且没有警告。

我怀疑这是由于build_site执行的任何设置引起的，但我不知道如何解决它们以及如何使用pkgdown包构建适当的静态文档。

有什么评论吗？

- Marcin Kosiński

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还在这里发布了 https://github.com/hadley/pkgdown/issues/98 - Marcin

Answer 1

看起来我找到了一个不太好的解决方法。 RTCGA 软件包在其示例中使用了 8 个数据包。每个数据包都需要加载 RTCGA。pkgdown::build_site() 使用 devtools::load_all()，它奇怪地只从 RTCGA 加载对象，但不允许在示例运行期间加载此软件包。

我已经通过更改这些软件包的元信息，将 RTCGA 从数据包的 Depends 中删除。

packages_to_remove_RTCGA_from_Depends <- 
  c("RTCGA.clinical",
    "RTCGA.mutations",
    "RTCGA.rnaseq",
    "RTCGA.RPPA",
    "RTCGA.mRNA",
    "RTCGA.miRNASeq",
    "RTCGA.methylation",
    "RTCGA.CNV")

sapply(packages_to_remove_RTCGA_from_Depends, function(data_package){
  Meta <- readRDS(file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds"))
  Meta$Depends <- list()
  saveRDS(Meta, file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds"))
})

- Marcin Kosiński