按行名称对矩阵进行子集化

Question

我有一个矩阵，其行名称如下：

"X1"   "X5"   "X33"  "X37"  "X52"  "X566"

现在我想选择与列表条目匹配的行，例如：

include_list <- c("X1", "X5", "X33")

我会这样做：

data.subset <- subset(data, row.names == include_list)

然而，这段特定的代码似乎没有完成任务。我该如何以这种方式进行子集筛选？

- histelheim

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请注意，此示例是一个向量 c()，而不是一个列表 list()。对于寻找 list() 解决方案的人，我的答案提供了 list() 的解决方案。 - BanAnanas

Answer 1

设置一些虚假数据：

m <- matrix(1:30, 6, 5)
rownames(m) <- c("X1", "X5", "X33", "X37", "X52", "X566")
m
#      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1      1    7   13   19   25
# X5      2    8   14   20   26
# X33     3    9   15   21   27
# X37     4   10   16   22   28
# X52     5   11   17   23   29
# X566    6   12   18   24   30

在这里，使用矩阵索引([)进行子集筛选可能是最简单的方法:

include_list <- c("X1", "X5", "X33")
m[include_list, ]
#     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1     1    7   13   19   25
# X5     2    8   14   20   26
# X33    3    9   15   21   27

使用 subset() 函数的替代方法：

subset(m, rownames(m) %in% include_list)
#      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1     1    7   13   19   25
# X5     2    8   14   20   26
# X33    3    9   15   21   27

- Rich Scriven

Answer 2

这种方式似乎也可以：

include_list <- head(read.csv("/Users/histelheim/include_list.csv", header = FALSE))
include_list <- c(do.call("cbind", include_list)) 
data[row.names(data) %in% include_list, ]

- histelheim

Answer 3

如果某人的include_list是类别为list（而不是vector），那么这是Rich Scriven答案基于this进行修改的版本。应该添加unlist()：

m <- matrix(1:30, 6, 5)
rownames(m) <- c("X1", "X5", "X33", "X37", "X52", "X566")
include_list <- list("X1", "X5", "X33")


m[unlist(include_list), ]

- BanAnanas