构建 R 包时出现错误 "ld: cannot find -lgfortran"。

Question

构建 R 包时出现错误 "ld: cannot find -lgfortran"。

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我正在尝试安装 lars 包。我的操作系统是 Ubuntu 11.04 Natty 64 位。在构建时出现以下错误：

* installing *source* package âlarsâ ...
** libs
gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g -c delcol.f -o delcol.o
gcc -shared -o lars.so delcol.o -lgfortran -lm -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [lars.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package âlarsâ

我已经安装了gfortran，并且运行 gfortran --version 命令可以看到：

gfortran --version GNU Fortran (Ubuntu/Linaro 4.5.2-8ubuntu4) 4.5.2

sudo ldconfig -v 命令运行时出现了以下错误：

/sbin/ldconfig.real: Cannot stat /usr/lib/libgfortran.so: No such file or directory

我已经尝试过卸载并重新安装gfortran，但问题仍未解决。请问我需要怎么做才能解决这个问题？

- Andrew Redd

几个问题：1）/usr/lib/libgfortran.so 文件真的存在吗？（如果是符号链接，指向的文件也真的在那里吗？） 2）libgfortran.so 的位置是否在您的 LD_LIBRARY_PATH 中？ - geoffjentry

我已检查了源代码。这是标准的 R 构建，没有什么特别的或奇怪的地方。只有一个 Fortran 文件，因此我认为它是标准的 R 构建，试图链接 libgfortran.so。 - Andrew Redd

12个回答

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对于 Debian / Ubuntu 系列，我们通常建议

 $ sudo apt-get install r-base-dev

由于它引入了编译常用的所有软件包，因此这种方法经常被测试，自动化软件包构建器也依赖于此（以及额外的每个软件包的Build-Depends）。在这里也列出了gfortran软件包; 也许您之前安装时链接损坏了，所以我建议您尝试dpkg --purge gfortran; apt-get install gfortran。话虽这样，数十个R软件包（和R本身）都使用Fortran，因此这里没有任何魔法。

- Dirk Eddelbuettel

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Dirk，通常你的建议都很准确，但是这里的配置出了一些问题。在问题中，我展示了构建消息。gfortran被找到并用于成功编译delcol.f，但随后又链接到gfortran，而它找不到。 - Andrew Redd

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你是否碰巧搞乱了不同版本的gcc-*、g++-*和gfortran-*之间以及它们的库等价物之间的符号链接？有时候所谓的“有趣”的问题只是简单的操作错误。在我的系统中，libgfortran.so.3位于/usr/lib/x86_64-linux-gnu/，来自于libgfortran3软件包。 - Dirk Eddelbuettel

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是的，我的情况也一样。链接"/usr/lib/libgfortran.so"存在问题，一旦指向正确的"/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfortran.so.3.0.0"后，事情就恢复正常了。 - Andrew Redd

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小心。我的Ubuntu 11.04没有 /usr/lib/libgfortran.so 链接。尝试 ldconfig -p | grep libgfortran，它应该显示libgfortran.so.3从 /usr/lib/x86_64-linux-gnus 目录中找到。否则我的（相当新的）工作电脑可能有问题 :) - Dirk Eddelbuettel

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在Ubuntu上，安装r-base-dev对我有用，因为我遇到了与OP相同的错误。 - pocketfullofcheese

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看起来其他建议已经解决了你的问题，但是你的问题在我这里也存在，但我的解决方案不同。我的问题是gcc和g++版本与gfortran版本不同。我使用以下方法将它们切换到相同的版本。

检查你有哪些版本的gcc、g++和gfortran:

g++ --version
gcc --version
gfortran --version

将它们配对，使它们都相同：
```
sudo update-alternatives --config g++
sudo update-alternatives --config gcc
sudo update-alternatives --config gfortran
```
在我的情况下，我只有一个版本的gfortran，所以我只需要将g++和gcc的版本更改为与gfortran相匹配的版本即可。

- dlpolanco

请注意，可能不需要完全匹配：将gcc设置为5.4.1使得gfortran 6.2.0可以正常工作。 - Evpok

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我使用Centos，但无法获取r-base-dev。我已经安装了gfortran，并且它的版本与gcc和g++的版本匹配，但仍然无法正常工作。然而，我通过创建~/.R/Makevars解决了这个问题，使用以下内容：

cd ~
mkdir .R
touch Makevars

我找到了安装gfortran的目录（显然问题是R找不到它），方法如下：

which gfortran

它说我在 /usr/bin/gfortran 安装了 gfortran。然后我在.R/Makevars中添加了标志，告诉 R 使用：

F77 = /usr/bin/gfortran
FC = $F77
FLIBS = -L/usr/bin/gfortran

您可以按照以下方式编辑Makevars文件：

vi .R/Makevars

现在，您已经进入了可以编辑文本文件的vi程序。键入i进行编辑，您将在终端窗口底部看到INSERT。然后，您可以输入我上面所写的内容。要保存更改并退出vi，请按esc键，然后键入:wq。

我不确定我是否正确放置了FLIBS行，因为它在MacOS上与其他系统非常不同。在MacOS中，有一个gfortran目录下有要链接的库，但显然gfortran在Linux中不是一个目录。至少这对我起作用，并解决了/usr/bin/ld: cannot find -lquadmath的问题，使我顺利安装了需要gfortran的R包。

- Lambda Moses

在CentOS 7上对我非常有效，真是救命稻草！这是Makevars文件，从rstan安装指南中适用的地方进行了修改以供日后参考。

if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)  
M <- file.path(dotR, "Makevars")  
if (file.exists(M)) file.remove(M)  
if (!file.exists(M)) file.create(M)  
cat("F77 = /usr/bin/gfortran",
    "FC = $F77",
 "FLIBS = -L/usr/bin/gfortran",
    file = M, sep = "\n", append = TRUE)  
 readLines(M)  

# 安装需要gfortran的软件包  
install.packages("bridgesampling")```

- urganmax

这对我在CentOS 7上也有效。感谢分享！ - user553965

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在ubuntu 12.04，R3.1.0，x86 32位（实际上是caret软件包安装的一部分）安装R软件包minqa时遇到了同样的问题。

解决方法：

sudo ln -s /usr/lib/i386-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so

r-base-dev重新安装没有起作用，我也没有尝试重新安装gfortran，因为它有很多依赖项。

根据系统/版本不同，

ls -l /usr/lib/libgfortran.so

检查链接是否存在/正确。

- Yano

在Debian上使用igraph包时，我也遇到了同样的问题。 - fabians

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请注意，在某些机器上，您可能需要运行 sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so（这是我在Linux Mint 18.3上使用的方法）。 - seaotternerd

StackExchange应该考虑更加重视“同一问题的其他有效解决方案”。这个答案对我很有用！ - omar

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如果您在Mac上遇到相同的错误，请尝试以下操作：

安装Homebrew并运行以下命令：

brew install gcc

然后，创建一个文件~/.R/Makevars，其内容如下（请注意，这对应于gcc版本9.1.0）：

VER=-9
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/9.1.0/lib/gcc/9

R版本为3.6.0
gcc版本为9.1.0
Homebrew版本为2.1.6
macOS版本为10.14.5

- Megatron

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将这里的内容留作以后参考，因为在我的情况下（Amazon Linux EC2 AMI），问题仅仅是符号链接的命名问题，而不是其位置。

sudo ln -s /usr/lib64/libgfortran.so.3 /usr/lib64/libgfortran.so
sudo ln -s /usr/lib64/libquadmath.so.0 /usr/lib64/libquadmath.so

- João Nogueira

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我不需要安装任何库。这是我使用的方法，希望对某些人有用。

我在~/.R/Makevars中定义了CC=gcc-8。我的机器上默认的gcc版本是7.4.0，但我安装了gcc-8。同时，我没有安装gfortran 8，只有7.4.0。将Makevars中的该行注释掉会使编译回退到默认的gcc-7，并且成功使用gfortran-7库。"最初的回答"

- jangorecki

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对于未来的迷失灵魂，验证编译器版本是否匹配也有帮助（参见https://askubuntu.com/questions/276892/cannot-find-lgfortran）。在我的情况下，gcc和gfortran都是4.8.4，但g++是4.6。

- Neil

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我从源代码编译了GCC 7.4，但是配置了--enable-languages=c,c++，这样不会安装Fortran，而Fortran是必需的。

- qwr

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- kevin · Accepted Answer

当我尝试在Ubuntu 12.10 64位上安装CRAN软件包VGAM时，遇到了同样的问题。我已经安装了r-base-dev，但是Andrew Redd对Dirk Eddelbuettel答案的第二条评论对我有用。

具体来说，我遇到了两个错误：

/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
/usr/bin/ld: cannot find -lquadmath

这些问题通过这些措施得到解决：

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 /usr/lib/libquadmath.so

请注意，仅需要处理原始帖子中的第一行即可解决问题。第二行修复了我使用lquadmath时的额外错误。