Python IOError: [Errno 5] 输入/输出错误？

Question

我正在远程服务器上运行一个使用nohup的Python脚本。

• 首先，我使用VPN和SSH连接到远程计算机

• 其次，我使用以下命令运行Python脚本：

  nohup python backmap.py mpirun -np 48 &

Python脚本包含以下几行代码：

frame = []
file_in = open("Traj_equil_prot.pdb", "r")
for line in file_in:
    if line.startswith('TITLE'):
        frame.append(line[127:134])

import os
for fileNum in range(631, 29969):
    os.system("./initram-v5.sh -f Traj_equil_prot_frame" +  str(fileNum) + ".pdb -o Traj_equilprot_aa_frame" + str(frame[fileNum]) + ".gro -to amber -p topol.top")

今天一整天脚本都运行得很好，但现在它突然崩溃了，当我试图重新启动时，出现以下错误：

Traceback (most recent call last): File "", line 1, in IOError: [Errno 5] Input/output error

文件在工作目录中。我尝试过断开/重新连接，但问题依旧。我不知道我错过了什么。请帮忙解决，谢谢。

- FZJ

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我不确定是否相关，但您从未关闭 file_in。 - Elazar

我刚刚尝试在Python中打开文件，并使用file_in.close()关闭它。断开并重新连接到远程机器，然后再次运行脚本，但仍然出现相同的错误 :/ - FZJ

Answer 1

我曾经遇到同样的问题，我使用以下命令来运行我的脚本：

python MY_SCRIPT.py &

脚本将在后台运行，并且输出将显示在终端上，直到您注销或退出。

通过注销，脚本仍在运行，但它的输出没有地方显示，因此当脚本想要显示某些内容时（例如调用print），会出现异常。

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解决方案：

我已将输出导向到除实际终端显示之外的其他位置：

python MY_SCRIPT.py >/dev/null &

点击以下链接了解更多细节：

https://dev59.com/uloT5IYBdhLWcg3wtRYR#38238281

- Omid N

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我认为你可以使用nohup。nohup python myscript.py & - Paolo

有趣的是，当我使用 print 时，出现了异常，但当我使用 sys.stdout.write 时，没有引发异常。 - Jeyekomon

Answer 2

我最终通过打开“file_in”文件，进行修改（例如在REM的行中添加一个点），并保存更改来解决了问题。

- FZJ

Answer 3

我在尝试使用shutil库加载一些文件或复制它们时遇到了这个错误。通过为缓冲区启动我的代码并输出到文件，问题已经解决。

python my_code.py >> output.txt

The tqdm will still be visible, making the advancement of the code easy to follow.

- Robin maltaros