我正在尝试从源代码构建一个R包(DESeq2),以便我可以对其进行调试。我已经安装了所需的所有依赖项,并按照Hillary Parker的说明创建R包。我正在使用R-3.4.2在CentOS 6.6上运行此程序。
我运行以下命令:
library("devtools")
install("DESeq2", keep_source=TRUE)
它将其安装在我所有其他R库的目录中。当我查看已安装的DESeq2库时,它缺少所有
DESeq2/R/*.R
和DESeq2/src/*.cpp
文件。问题:这些文件在哪里,为什么没有被安装?这似乎不是预期的行为。
keep.source
是一个指令,用于在加载代码时包含源代码,而不是保留/library/..
中的特定文件。我也不确定它如何与Rcpp代码配合使用。我还认为您可能需要查看传递给type
的内容,因为它取决于操作系统,而您没有告诉我们这一点。 - IRTFM?install
中,它说:“keep_source: 如果为'TRUE',将保留已安装软件包的srcrefs。这对于调试非常有用(特别是在RStudio内部)。它默认为选项'“keep.source.pkgs”'。”我猜想我假设'srcrefs'将包括源代码?也许不是? - irritable_phd_syndrometype
是什么意思?type
不是install
的参数。” - irritable_phd_syndromeinstall.packages
。也许不是吗? - IRTFMkeep_source=TRUE
将会简单地将--with-keep.source
传递给rcmd
。根据文档,“默认情况下,软件包不会保留源代码格式”,此选项启用了该功能。 - miken32