在R Markdown中呈现ggplotly()

Question

使用ggplotly()创建的交互式图表可以很好地与R Markdown中的html_document输出配合使用，例如请参见RMarkdown和ggplotly。但是对于github_document输出，生成的HTML预览文件不会显示ggplotly()图形。

我采用了链接SO帖子中的代码，并仅更改了标题中的输出格式。 有人知道如何在此类输出中正确呈现plotly图形吗？ 或者至少，如果可能的话？

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title: "RmarkdownExample"
author: "fdetsch"
date: "April 16, 2020"
output: github_document
---

Here is the graph I generated. 

```{r setup, message = FALSE, echo = FALSE, warning=FALSE}
# Require
library(plotly)
# Create
dsamp <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
# Plot
g <- qplot(carat, price, data=dsamp, colour=clarity)
# Call
ggplotly(g)
```

- fdetsch

Answer 1

对于output: github_document，我找到了一个解决方法，可以使用iframe很好地呈现ggplotly()图形。技巧是将plotly小部件导出为HTML，然后将其嵌入为iframe。在我看来，与启用keep_md的output: html_document相比，优点是在线.md文件仅打印指向中间HTML文件的链接，而不是完整的小部件代码，使其更加整洁。

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title: "Render `ggplotly()` graphs in `github_document`"
author: "fdetsch"
date: "`r Sys.Date()`"
output: github_document
---

Here is the graph I generated. 

```{r setup, message = FALSE, echo = FALSE, warning = FALSE}
# Require
library(plotly)
# Create
dsamp <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
# Plot
g <- qplot(carat, price, data=dsamp, colour=clarity)
# Call
p <- ggplotly(g)

```

```{r include, echo = FALSE}
htmlwidgets::saveWidget(p, "index.html")

htmltools::tags$iframe(
  src=file.path(getwd(), "index.html"),
  width="100%",
  height="600",
  scrolling="no",
  seamless="seamless",
  frameBorder="0"
)

```

至少在使用外部查看器打开预览HTML时，交互式图形会显示出来。目前RStudio（预览版1.3.938）的查看器无法呈现该图像。

- fdetsch

Answer 2

似乎github_document存在一些问题，请参见这里。我的解决办法是：将其编织为html_document，并保存结果为*.md文件。 因此，YAML头应为：

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title: "RmarkdownExample"
author: "fdetsch"
date: "April 16, 2020"
output: 
  html_document:
    keep_md: true
---

您可以使用md文件上传到GitHub。

- J_F

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感谢您指向这个帖子。我同意HTML呈现得很好。然而，在线.md看起来相当混乱。 - fdetsch

没错，我已经找到了一个output: github_document的解决方法，并且也分享了代码。老实说，我认为两个答案都有其合理的地方，这使得很难在它们之间做出选择。 - fdetsch