如何及时了解R包中已知错误和错误修复情况？

Question

是否有一个标准的 R 社区资源用于跟踪已知软件包错误或 bug 修复？我的目前方法相当手动。 （注：我将此限制为 CRAN-请参见注1。）

我的使用案例基本上是 bug 监控和软件包更新管理。我已经平均每个月发现了几个 bug（我会认真向作者报告；-））。由于我大部分工作都是在虚拟机上完成的，因此我倾向于在必要的软件包的 bug 状态得到很好的掌握后更新 VM 映像。当一堆 bug 被修复时，我可以删除我的解决方法，这很棒，并更新映像。当我发现 bug 疫情时，我不会创建新的映像。

以下是我目前正在使用的来源：

• NEWS 文件：许多但不是所有软件包都有 NEWS 文件。这肯定是一个有用的起点。
• 软件包主页：一些软件包在 CRAN 上没有 NEWS 文件，但在作者的网站上单独发布更改日志。
• R 项目托管的邮件列表
• 谷歌群组的软件包
• 与软件包作者的个人通信
• 软件包的 bug 跟踪（例如，开发人员可能会使用 Bugzilla）

这里有一点需要澄清，发现一个bug是一回事（我承认我们所有人都会遇到bug），但是迟迟才发现已知的或者更好的是已经修复的bug就另外一回事了。这两种情况都会拖慢我的编程速度，但更好的bug监控（也许我们需要一个cdc4R包：））将显著减少影响。如果没有标准的更新提示系统（例如扩展到update.packages()的插件，报告可以更新哪些软件包并链接到更改信息），那么用户就需要寻找这些信息。

作为这样的用户，试图寻找这些信息，我是否在上面的列表中忽略了某些标准资源？例如，是否有一个R邮件列表，开发人员经常在其中发布他们的更改和错误修复？或者是否有一个聚合这些帖子、发布测试（CRAN发布R CMD CHECK输出，似乎如此）或提供其他反馈的网站？

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以下是其他资源的一些额外说明，供他人参考：

• 我发现CRANberries对于软件包有一个简洁的diff摘要，这对我来说是新的。（我被启发去考虑在diff输出中使用bug或fix进行grep。）
• R中的bug.report()是向R Core或软件包维护者的电子邮件地址发送消息的好方法。
• 值得考虑的几个测试软件包是：testthat, RUnit, 和 svUnit。
• 我的个人“快速测试”是简单地使用digest来验证结果是否匹配，而不必测试非常大的对象的等式。

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注意1：我将此标记为cran，因为管理所有 R包的宇宙是不可能的。对于一个个体包的作者，他们可以在任何地方分发包，使用任何邮件列表或错误跟踪系统等。但是，这已经超出了R的“主流”。如果我发布一个软件包并提醒用户更改、漏洞和漏洞修复，我会选择CRAN+ NEWS+ Bugzilla+ Google Groups+ R-Forge（和/或RForge）等，但还有其他标准报告机制缺失吗？

某种程度上，这个注释也是为了询问开发者是否被鼓励使用某种机制。我怀疑没有标准，因为R核心成员的软件包在错误和更改报告方面做了许多不同的事情。

注意2：我也正在添加 administration（尽管其他内容可能更合适），因为这也涉及到管理R。对于可重复性，包的管理非常重要；当有多个用户或更多移动的部分时，保持对错误和修复的认识成为一项管理任务，同时也是依赖于外部包的开发的重要考虑因素。如果另一个标签，例如system-administration更合适，则我可以进行更改。

- Iterator

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这应该是CRAN的一个功能，不是吗？CRAN必须知道更新情况，所以我觉得它应该有一些RSS频道！向CRAN提出功能请求！或者问题在于区分更新是否包含错误修复？ - Tomas

@Tomas 我对漏洞很感兴趣；检查软件包是否已更新很容易。但是漏洞是另一回事，需要关注：如果它们影响我的工作，我可能会升级到新版本、回退到早期版本或绕过它们。在一个已经运行的系统中，其他代码更改，如性能或接口更改，要求的关注度较低。 - Iterator

我认为您没有遗漏任何重要的内容。我使用 GitHub 存储所有的程序包，因此 NEWS 和 GitHub 的 issues 页面是查找信息的最佳途径。 - hadley

我现在有点困，不太想去查找参考资料，但是你提到了svUnit，我想让你知道svUnit可以很好地集成在Jenkins中。它可以报告编写为单元测试的脚本的结果，还可以在报告中包括传统的R示例。 - mariotomo

Answer 1

这不是完整的答案，但以下是一些想法。

在data.table的情况下，我们跟踪错误（和功能请求） 在R-Forge上。我想你可以以编程方式查询R-Forge的跟踪器，以获取托管在那里的所有软件包。无论如何都要添加到您的列表中。那个网络跟踪器就是bug.report(package="data.table")指向的地方（不仅仅是维护者的电子邮件地址）。

此外，任何人都可以订阅任何<pkgname>[e-mail]邮件列表，以接收每个R-Forge项目的统一差异和提交消息（在提交时）。虽然我不知道是否存在涵盖任何R-Forge项目的提交的普通邮件列表。

在?data.table的顶部有一个链接最新的新闻。这是我们向用户传达最新版本（和正在开发中的版本）的方式，如果他们进行升级。该链接实时更新；即，“最新的”字面意思就是更新到分钟级别。但是，他们必须要去检查那里！

- Matt Dowle

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提交的电子邮件必须由项目启用，不是吗？我认为并非每个R-Forge项目都启用了它。但也许情况已经改变了... - Dirk Eddelbuettel

@Dirk 我认为-commits默认是创建的，但项目管理员可以关闭它（可能是错误的）。我不认为任何人都会自动订阅它，即使是管理员。因此，对于没有人订阅-commits的项目，它可能不会发送任何消息，因此存档直到第一次订阅后的第一次提交才会建立。只是猜测。 - Matt Dowle

感谢您提供的建议！您对data.table的开发和报告以及更改的管理非常出色，我们非常感激。这是我所依赖的软件包之一，还有您使用的报告和追踪功能。我意识到我在其他软件包中没有同样的资源，并想知道如何在我的端解决这个问题。 - Iterator