如何使用Emacs、ESS、pandoc-mode和polymode从Rmd文件创建PDF？

Question

这是一个“经典”的Rmd文件的改编，我想使用Emacs（Emacs Speak Statistics）和polymode将其编织为pdf。我找不到正确的命令来做到这一点。polymode的文档很少。我正在使用社会科学的Emacs入门套件。

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title: "Untitled"
author: "SB"
date: "Wednesday, February 04, 2015"
output: pdf_document
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You can embed an R code chunk like this:

```{r}
summary(cars)
```

You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```

- sbac

Answer 1

根据文档，使用M-n w 和 M-n W 来设置/更改编织器。如果您正在使用 ESS，则应使用knitr-ESS编织器，因为它使用当前的*R*进程。

- VitoshKa

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文件名为 _sb_ex.Rmd_。我使用 M-n W 选择了 knitr-ESS，然后使用 M-n w，但结果出现错误：> library(knitr); knit('sb_ex.Rmd', output='sb_ex[weaved].md') Error in library(knitr) : there is no package called 'knitr'。 - sbac

它在Windows上无法工作，但在Mac OSX上可以。唯一的问题是，当我尝试使用M-n e来使用_pandoc_导出pdf时，我无法看到pdf格式作为选项。然后我使用_emacs菜单_中的_pandoc-mode_创建pdf。 - sbac

@博士，您需要安装pandoc才能使其正常工作。如果无法正常工作，请转到“polymode weave”缓冲区。如果有任何pandoc错误，它应该会显示出来。 - VitoshKa

类似于sbac的问题 - 当我使用M-n e时，pdf文件无法显示 - ilya

这个答案对我很有帮助，但我发现这个编织工具实际上被命名为knitR-ESS。 - ericOss

Answer 2

你可以使用 rmarkdown软件包 中的rmarkdown::render()，只需一个命令就可以将.Rmd文件编织成标记并渲染输出文件（PDF，Word，HTML等）！ 我不确定ESS是否已经支持rmarkdown工作流程（我正在尝试涉足elisp），所以我编写了一个函数来调用rmarkdown::render()和允许自定义输入到rmarkdown::render()函数调用的前缀参数（例如C-u）。

;; spa/rmd-render
;; Global history list allows Emacs to "remember" the last
;; render commands and propose as suggestions in the minibuffer.
(defvar rmd-render-history nil "History list for spa/rmd-render.")
(defun spa/rmd-render (arg)
  "Render the current Rmd file to PDF output.
   With a prefix arg, edit the R command in the minibuffer"
  (interactive "P")
  ;; Build the default R render command
  (setq rcmd (concat "rmarkdown::render('" buffer-file-name "',"
                 "output_dir = '../reports',"
                 "output_format = 'pdf_document')"))
  ;; Check for prefix argument
  (if arg
      (progn
    ;; Use last command as the default (if non-nil)
    (setq prev-history (car rmd-render-history))
    (if prev-history
        (setq rcmd prev-history)
      nil)
    ;; Allow the user to modify rcmd
    (setq rcmd
          (read-from-minibuffer "Run: " rcmd nil nil 'rmd-render-history))
    )
    ;; With no prefix arg, add default rcmd to history
    (setq rmd-render-history (add-to-history 'rmd-render-history rcmd)))
  ;; Build and evaluate the shell command
  (setq command (concat "echo \"" rcmd "\" | R --vanilla"))
  (compile command))
(define-key polymode-mode-map (kbd "C-c r")  'spa/rmd-render)

请注意，我有一些特定的参数设置，如output_dir = '../reports'，但elisp可以轻松自定义以适应您的需求。

将此代码添加到您的init文件中后，只需从您的.Rmd文件内部输入C-c r(或者 C-u C-c r以渲染到不同的格式、位置等)即可。该命令将打开一个名为*compilation*的缓冲区的新窗口，在其中任何错误都会出现。

这肯定可以改进，我很乐意听取建议。

- Stefan Avey

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所以我喜欢这个概念，但它对我不起作用，而且我是一个糟糕的elisp程序员。在我看来，问题似乎是命令被用双引号发送到R中，因此R将其解释为字符串文字。（我在Windows上） - mac

确实。引号是我机器上的问题。通过编辑您代码中的一行进行修复，现在为：(setq command (concat "echo " rcmd " | R --vanilla")) - mac

对于未来的读者而言，如果您不需要太多自定义设置，使用 polymode 的内置功能将更加简单。使用 M-n E 来选择导出器，使用 M-n e 将 R Markdown 文档导出到所需的格式。 - Stefan Avey