安装R的依赖包时出现错误：找不到gdal-config，尽管已安装gdal

Question

安装R的依赖包时出现错误：找不到gdal-config，尽管已安装gdal

138

请指出我所忽略的要点： openSUSE 11.3

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> sudo R CMD INSTALL rgdal_0.7-12.tar.gz 
root's password:
* installing to library ‘/usr/lib64/R/library’
* installing *source* package ‘rgdal’ ...
** package ‘rgdal’ successfully unpacked and MD5 sums checked
configure: gdal-config: gdal-config
checking gdal-config usability... ./configure: line 1353: gdal-config: command not found
no
Error: gdal-config not found
The gdal-config script distributed with GDAL could not be found.
If you have not installed the GDAL libraries, you can
download the source from  http://www.gdal.org/
If you have installed the GDAL libraries, then make sure that
gdal-config is in your path. Try typing gdal-config at a
shell prompt and see if it runs. If not, use:
 --configure-args='--with-gdal-config=/usr/local/bin/gdal-config'
with appropriate values for your installation.

ERROR: configuration failed for package ‘rgdal’
* removing ‘/usr/lib64/R/library/rgdal’

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> whereis gdal-config
gdal-config: /usr/local/bin/gdal-config

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> gdal-config 
Usage: gdal-config [OPTIONS]
Options:
 [--prefix[=DIR]]
 [--libs]
 [--dep-libs]
 [--cflags]
 [--datadir]
 [--version]
 [--ogr-enabled]
 [--formats]
 xx@linux-y3pi:~/Desktop/R>

> sessionInfo()
R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
>

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> gdal-config --version
1.9.0

xx@linux-y3pi:~/Desktop/R> proj
Rel. 4.8.0, 6 March 2012
usage: proj [ -beEfiIlormsStTvVwW [args] ] [ +opts[=arg] ] [ files ]

linux-y3pi:~ # $PATH
bash: /home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin/:/home/xx/qtsdk-2010.05/bin:/home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin:/home/xx/qtsdk-2010.05/qt/bin/:/home/xx/qtsdk-2010.05/bin:/usr/lib64/mpi/gcc/openmpi/bin:/home/xx/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/X11R6/bin:/usr/games: No such file or directory

- Aquarius_Girl

哎呀！which gdal-config 返回 /usr/local/bin/gdal-config 但是 sudo which gdal-config 返回 which: no gdal-config in (/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin)。 - Brian D

10个回答

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你需要在开发时除了安装常规的部署包之外，还需要安装带有头文件和共享库链接的-dev包。从发行版的角度来看，这是两个不同的用例。

在我的发行版中：

edd@max:/tmp$ dpkg -l | grep gdal | cut -c-72
ii  libgdal1-1.7.0                                1.7.3-6ubuntu3        
ii  libgdal1-dev                                  1.7.3-6ubuntu3        
edd@max:/tmp$

使用 R CMD INSTALL rgdal_0.7-8.tar.gz 安装RGDAL包，像CRAN提供的其他软件包一样，在CRAN构建检查时都会进行验证，可以正常工作。

2016年底更新： 正如@JoshO'Brien在评论中指出的那样，运行Ubuntu 14.04.2时，libgdal1h似乎已经取代了libgdal1（尽管仍需要libgdal1-dev），当我尝试运行apt-get install libgdal1时会收到错误提示。

对于Ubuntu 16.04，相应的命令为
sudo apt-get install libgdal1i

更名上游库是很常见的操作，例如通过命令apt-cache search libgdal可查找当前软件包名称。然而，重要的是 只需要安装"抽象的"开发包libgdal-dev即可完成编译，它会通过依赖关系引入“具体”的当前运行时软件包（此处为libgdal1i）。

- Dirk Eddelbuettel

1

小更新：在2016年，运行Ubuntu 14.04.2时，libgdal1h似乎已经取代了libgdal1（尽管仍需要libgdal1-dev）。当我尝试apt-get install libgdal1时，至少会出现这样的错误。 - Josh O'Brien

3

感谢您指我朝正确的方向。由于现在已经是2018年，不是每个人都使用基于Debian的系统，因此在Arch Linux上，诀窍在于执行# pacman -Syu gdal命令，从community/gdal下载栅格化库。 - Cbhihe

@BrianStamper 当然可以，但您要意识到这个答案已经八年了，所以目前正确的设置可能会随着时间而变化。 - Dirk Eddelbuettel

2

我希望你明白2012年已经过去了8年。我希望你能看到答案已经在2016年为Ubuntu 16.04编辑过，以及在2018年添加了另一个答案。你需要理解的关键是像apt-cache search libgdal这样的工具可以在任何时间点找到“当时的”名称。这比你不理解就复制粘贴标准答案要有用得多。因为那些答案会逐渐过时。 - Dirk Eddelbuettel

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你可以使用apt-file软件包来查找包含你所寻找的缺失文件的包。

首先使用命令apt-get install apt-file来安装apt-file。
使用命令apt-file update来更新apt-file。
现在你可以使用apt-file来查找缺失的文件。apt-file search gdal-config

对于我的情况，当我从svn配置grass-7.1时，我遇到了相同的错误。如下所示：

$ ./configure
...more...
checking whether to use GDAL... yes
checking for gdal-config... /usr/bin/gdal-config
              ...more....
./configure: 1: ./configure: /usr/bin/gdal-config: not found
./configure: 6093: test: =: unexpected operator
configure: error: *** Unable to locate GDAL library.

但是，在使用apt-file查找gdal-config文件后，如下所示，我成功解决了错误，安装了libgdal1-dev软件包。

$ apt-file search gdal-config

结果

libgdal1-dev: /usr/bin/gdal-config

所以我安装了libgdal1-dev，如下所示：

$ sudo apt-get install libgdal1-dev

- Erick

12

这个方法解决了错误，但我还需要执行sudo apt-get install libproj-dev来安装rgdal。参见https://dev59.com/E2Up5IYBdhLWcg3wdnl6。 - geneorama

3

我可以确认 libproj-dev 也是必需的。否则，如 @geneorama 所提到的那样，R 将返回 configure: error: proj_api.h not found...。 - narendra-choudhary

我确认这个方法，包括在评论中提到的软件包，解决了我在Ubuntu 16.04和R 3.4上遇到的问题。 - luchonacho

在Ubuntu 19.10，R 3.6.2中，我只需要运行sudo apt-get install libgdal-dev，不需要安装libproj-dev。注意：应该安装的是libgdal-dev而不是libgdal1-dev。 - Rui Barradas

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这是因为“rgdal”软件包的配置失败了，所以我们需要安装必要的依赖项。

要求安装libgdal-dev和libproj-dev软件包：

sudo apt-get install gdal-bin proj-bin libgdal-dev libproj-dev

然后通过以下方式安装rgdal：

install.packages("rgdal")

通过以下方式加载rgdal

library(rgdal)

- Athira Ramachandran

16

在macOS上，运行以下命令安装gdal：

brew install gdal

这将会解决以下错误：

gdal-config not found

- lhaferkamp

1

给其他人的一个提示，运行后请注意终端输出，因为可能还有其他需要做的事情（在安装gdal之前我不得不安装其他东西，并且在安装后我不得不链接它 - 但是brew在输出中告诉了我如何做到这一点）。 - stevec

我还需要安装udunits、geos、proj和gdal。 - ski_squaw

1

在 Apple M1 芯片上，使用 arch -arm64 brew install gdal 可能会有所帮助。 - zabala

6

在CentOS 6上尝试一下这个

sudo yum install gdal gdal-python gdal-devel mapserver mapserver-python libxml2 libxml2-python python-lxml python-pip python-devel gcc

- Wesam Na

很不幸，在我的CentOS服务器上，sudo yum install gdal-devel失败了，并出现了一长串有关处理依赖项的消息，然后是一堆错误。它们似乎涉及到CentOS 5版本（例如gdal-1.8.0-4.el5.elgis.x86_64），但我使用的是CentOS 6。 - JerryN

6

需要所有这些吗？sudo yum install gdal-devel 不够用吗？ - Brian D

4

阅读参考手册。

构建源代码的系统要求：从http://trac.osgeo.org/gdal/wiki/DownloadSource下载GDAL库（版本需高于1.6.0），以及从http://trac.osgeo.org/proj/下载PROJ.4库（版本需高于4.4.9）；

- Roland

2

我的Mac Monterrey在执行了brew install gdal之后仍然持续抱怨。

不过，这个GitHub问题中的建议解决了问题。

install.packages("sf", type = "source", configure.args = 
'--with-gdal-lib=/opt/homebrew/opt/gdal/lib/ 
--with-sqlite3-lib=/opt/homebrew/opt/sqlite/lib/ 
--with-gdal-config=/opt/homebrew/bin/gdal-config
--with-proj-share=/opt/homebrew/opt/proj/share/ 
--with-proj-lib=/opt/homebrew/opt/proj/lib 
--with-proj-include=/opt/homebrew/opt/proj/include/
--with-geos-config=/opt/homebrew/opt/geos/bin/geos-config')

- Him

1

今天我在一台Linux CentOS 6.10上遇到了同样的问题，但我没有管理员权限。

我的处理方法是：

a）创建一个专门为我的R版本而设计的conda环境。

conda create --name MYR

b) 激活环境

source activate MYR

c) 安装 R

conda install -c conda-forge r-base

d) 安装libgdal

conda install -c conda-forge libgdal

这对我解决了问题。我的 R 版本是 4.1.3。我猜其他版本也应该可以。

- Fabio Marroni

0

对于Manjora或ArchLinux，只需尝试： yay -S gdal

- Yuchen BAI

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可以查看英文原文，
原文链接

- Gayan Kavirathne · Accepted Answer

188

在Ubuntu 18.04中

我通过sudo apt install libgdal-dev修复了这个问题。希望对某些人有所帮助。一些之前的答案似乎已经过时且太冗长。

在早期版本中（使用apt-get）

sudo apt-get install libgdal-dev

- Gayan Kavirathne

4

在我的Ubuntu 18.04和R版本3.4.4（2018-03-15）中，这个方法对我有效。 - fvfaleiro

4

对我有用（在Ubuntu 18.04和R 3.6.3上）。安装rgdal时不需要“sudo apt-get install libproj-dev”。 - Mansi

12

在Ubuntu 20.04上对我有用。 - Douglas Ferreira

3

在尝试安装sf软件包并出现类似错误时，这个方法适用于我在Ubuntu 18.04.4和R 4.0.2上的操作。 - Santiago Capobianco

2

直到我使用apt安装了libudunits2-dev，它在Ubuntu 20.04上对我不起作用。 - bshor

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