在Mac上包含Cairo R

Question

我正在尝试在Rstudio中使用'Cairo'包，使用命令install.packages('Cairo')，并且没有任何问题。 我收到了这条消息-

The downloaded binary packages are in
/var/folders/xn/c1nj85gx62b89876s15sbv9h0000gn/T//RtmpK9JM0l/downloaded_packages 

包出现在包列表中，但当我尝试使用library(Cairo)或library('Cairo')来引入该包时，出现以下错误信息-

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Cairo', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/Cairo/libs/Cairo.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/Cairo/libs/Cairo.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libXrender.1.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/Cairo/libs/Cairo.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘Cairo’

sessionInfo()

R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.6 (El Capitan)

locale:
[1] he_IL.UTF-8/he_IL.UTF-8/he_IL.UTF-8/C/he_IL.UTF-8/he_IL.UTF-8

attached base packages:
[1] stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[9] base     

other attached packages:
[1] GenomicRanges_1.24.2 GenomeInfoDb_1.8.3   IRanges_2.6.1       
[4] S4Vectors_0.10.2     ggbio_1.20.2         BiocGenerics_0.18.0 
[7] ggplot2_2.1.0        BiocInstaller_1.22.3 shiny_0.13.2        

我不确定为什么会发生这种情况，需要帮助吗？ 谢谢！

- T.G.

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你是否已经安装了quartz作为你的主要X11平台？如果没有，请下载并安装它，然后重新启动你的机器。希望这能有所帮助。 - Abdou

谢谢！ 我不知道，'Cairo'需要石英的原因是什么？因为当我安装软件包时从未遇到过这个问题。 - T.G.

我相信它一直都需要。只是在之前的 Mac 版本中，操作系统会附带一个 X11 平台的等效版本。然而，在最新的版本中并非如此。这就是为什么你必须自己获取它。你现在能够加载这个软件包了吗？ - Abdou

我现在不在电脑旁边，等我回家后再处理。 - T.G.

谢谢！就像魔法一样好用！ - T.G.

我只想补充一下，我之所以只在使用Cairo时遇到问题而其他包没有问题，是因为它是一个处理图形的包，而“XQuartz是必需的组件，它允许跨平台应用程序（其中许多不是专门为OS X设计的）在其上运行。”[维基百科] (https://en.wikipedia.org/wiki/XQuartz) - T.G.

Answer 1

您应该下载适用于Mac的X11，也称为XQuartz。它不再随OS X一起发货，因此您必须从以下网址单独下载：https://www.xquartz.org/

- haddr

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谢谢！那确实是问题所在。 - T.G.

如果这解决了你的问题，请将其标记为解决方案，以便其他人可以轻松找到它。 - haddr

我该怎么做？ 使用灰色向上箭头？（我尝试过，但得到了一些提示，因为我在这里还是新手，所以无法投票..） - T.G.

{btsdaf} - Sander W. van der Laan

@SanderW.vanderLaan 你可能已经解决了这个问题，但是我在下面发布了一个关于修复已安装XQuartz的问题的答案，可能对你有帮助。 - Chris Middleton

Answer 2

如果安装了XQuartz仍然无法解决问题：

检查错误信息中以“Library not loaded: ...”开头的部分。例如，在用户的问题中，错误信息包含以下行：

dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/Cairo/libs/Cairo.so, 6): Library not loaded: /opt/X11/lib/libXrender.1.dylib

请注意这部分内容：

Library not loaded: /opt/X11/lib/libXrender.1.dylib

这是让我们了解有关XQuartz的部分。

然而，在我的情况下，它指定libjpeg未加载，就像这样：

Error: package or namespace load failed for ‘Cairo’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'Cairo', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/3.5/site-library/Cairo/libs/Cairo.so':
  dlopen(/usr/local/lib/R/3.5/site-library/Cairo/libs/Cairo.so, 6): Library not loaded: /usr/local/opt/jpeg/lib/libjpeg.9.dylib
  Referenced from: /usr/local/lib/R/3.5/site-library/Cairo/libs/Cairo.so
  Reason: image not found
Error: loading failed

请注意以下部分：

Library not loaded: /usr/local/opt/jpeg/lib/libjpeg.9.dylib

为了解决这个问题，我必须运行：

brew unlink libjpeg; brew reinstall libjpeg

为了让它正常工作，我接着需要对libtiff做同样的事情：

brew unlink libtiff; brew reinstall libtiff

在修复这两个库之后，运行install.packages("Cairo")就可以了。

- Chris Middleton