在ggplot2中展平alpha通道

Question

ggplot2的一些对象（函数）支持alpha通道。

http://docs.ggplot2.org/current/geom_point.html

这是一个不错的功能，但在pdf和png文件中使用透明颜色经常会导致各种问题。

我该如何使用alpha选项并获得扁平化的pdf输出文件？

- Jonas Stein

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你可能需要使用外部PDF工具来完成这个任务......虽然除了Adobe Acrobat之外的选择似乎很有限..... http://askubuntu.com/questions/128595/flattening-pdf-transparency - Ben Bolker

Answer 1

我曾经遇到一个问题，使用knitr + ggplot创建的大型Latex文档在我的Mac上可以完美阅读，但Windows用户无法打开。尝试了多次优化和压缩PDF文件，最终发现问题出在一个alpha-heavy图上。对于我的情况来说，将输出方式从pdf改为png有所帮助（不过根据您的问题描述，似乎png并不能解决您的问题）。

如果您正在使用knitr，可以通过将全局（或特定块）图像输出选项“dev”设置为“png”而自动创建png版本。根据绘图的复杂性，这可以显著减小alpha-heavy ggplot的大小和复杂度。我曾经将绘图文件大小从约700KB降低到约70KB（不过某些更简单的绘图可能会增加文件大小）。

权衡之处是绘图的分辨率可能会有所损失。如果只是通过电子邮件传递草稿或者针对某些类型的绘图，则这可能没问题。如果分辨率损失太大，则可以考虑调整输出的dpi（当然，这会增加文件大小，但在跨平台环境中可能仍然更好）。

要将全局图像输出设置为“png”，可以使用以下代码：

    library(knitr)
    opts_chunk$set(dev="png", dpi=200)

在特定的块中（例如仅涉及透明度的情节），使用 dev="png" 选项将输出设置为“png”。下面的示例生成常规、非透明度重的情节。对于 knitr + Latex，include=FALSE 选项将防止自动包含 pdf 版本（我不确定这是否对 RMarkdown 有必要）。

    <<myplot, dev="png", dpi=200, include=FALSE>> 
    library(ggplot2)
    x <- 1:1000
    y <- 2*x + rnorm(1000, 0, 100)
    df <- data.frame(x,y)  
    ggplot(df, aes(x=x, y=y)) + geom_point(alpha=.3)
    @

上述代码将生成一个名为myplot.png的文件，然后可以在Latex中使用figure环境嵌套的includegraphics命令轻松地将其包含在文档中。

    \begin{figure}[h!]
    \centering
    \scalebox{.5}{\includegraphics{myplot.png}}
    \caption{Some caption \label{fig:myplot}} 
    \end{figure}

另一个可能有帮助的资源是托管在R博客上的这篇博客文章：

使用knitr快速发布：导出图片以进行共享和出版

此外，请参见knitr选项中的绘图部分。

- Omar Wasow

Answer 2

为了避免LaTex中类似图形的问题，我使用R生成png文件。在那里，您可以使用type = c("cairo", "cairo-png", ...)选项进行调整，对我来说，"windows"效果很好。之后，我使用imagemagick将其转换为jpg，并将此jpg包含在我的LaTeX文件中，然后pdfLaTeX会产生扁平化的PDF输出。

- r_chemist

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转换为 jpeg 格式会显著降低绘图的质量。 - Jonas Stein