R函数prcomp在遇到NA值时会失败，即使允许存在NA值。

Question

我正在使用prcomp函数来计算前两个主成分。但是，我的数据中有一些NA值，因此该函数会抛出一个错误。即使在帮助文件?prcomp中提到了na.action定义，看起来也没有起作用。

以下是我的示例：

d <- data.frame(V1 = sample(1:100, 10), V2 = sample(1:100, 10))

prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

d$V1[5] <- NA
d$V2[7] <- NA

prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

我正在使用最新的Mac OS X版本2.15.1的R。

有人能看出为什么prcomp会失败吗？

这是我的新示例：

d <- data.frame(V1 = sample(1:100, 10), V2 = sample(1:100, 10))

result <- prcomp(d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

result$x

d$V1[5] <- NA

result <- prcomp(~V1+V2, data=d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

result$x

在PC1和PC2中，保留第5行是否可能？在我的真实数据集中，当然有多个变量列，只有其中一些缺失，并且我不想失去其他值中隐藏的剩余信息！

- user969113

Answer 1

如果您不想使用公式界面，另一个解决方案是

prcomp(na.omit(d), center = TRUE, scale = TRUE)

这涉及将na.omit直接应用于数据框。

- Jilber Urbina

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谢谢您的解决方案。我刚意识到使用na.omit会导致更少的主成分。我刚刚编辑了上面的例子。 - user969113

Answer 2

看起来像是一个“特性”（bug），除非你使用公式界面，否则na.action完全被忽略。这在R开发列表中曾经被提出过。

我认为这应该被记录下来或标记为一个bug。

只是为了明确，这样能够工作是因为它访问了公式接口：

prcomp(~V1+V2, data=d, center = TRUE, scale = TRUE, na.action = na.omit)

- nograpes

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好的，太棒了。感谢提供公式方法！ - user969113

我同意应该对此进行文档化（我是R开发列表中查询的作者）；如果有人想要推动这一进展，最好的方法是提出文档更改建议并将其提交到r-devel列表（和/或R错误跟踪器）。 - Ben Bolker